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玉米是全世界最重要的粮食作物之一。涝渍是热带、亚热带地区玉米生产的主要逆境胁迫之一,也是我国南方地区影响玉米最终产量的主要逆境因子之一。本研究旨在采用关联分析和连锁定位策略,针对玉米耐渍性的不同表型,利用96份自交系的关联分析群体进行候选基因关联分析,利用144份自交系的关联群体进行玉米45868个SNP的全基因组关联研究(GWAS)。同时,还利用BC2F2：3分离群体对显著关联位点进行连锁作图验证。取得了以下主要结果：1、利用EcoTILLING技术在96份自交系群体中,开展了候选基因zmbRLZ和Hemoglobin内SNP与耐渍性的关联分析。研究发现：候选基因zmbRLZ区段有33个SNP,多数位点的最小等位基因频率(MAF<5%)。测序鉴定10个SNP位点MAF大于5%,LD分析显示,部分位点之间有显著相关,其中5个SNP可以代表大部分的遗传多样性信息。关联分析的结果显示,有1个位点与耐渍响应性状的关联达到显著(P<0.005)。另有2个位点与耐渍响应性状的关联达到显著(P<0.05)。2、利用全基因组关联分析在144份自交系群体里鉴定了2个SNP位点(PUT-163a-93013517-4810、bin9.07, PZE-105105668、bin5.04)分别与正常水分下的RFW(根鲜重)和渍水处理下的SFW(茎鲜重)显著关联(p<2.18×10-6)。在825624次(45868位点×9性状×2环境)可能关联中,检测到27次SNP与性状的显著关联(p<2.18×10-5),涉及到5个SNP位点；检测到141次SNP与性状的显著关联(p<2.18×10-4),涉及53个SNP位点。3、对性状的耐渍系数、死叶指数等次级综合性状的GWAS分析结果显示,3个位于第一染色体上的SNP位点与多个性状的耐渍系数显著关联(p<2.18×10-5)；但死叶指数没有检测到关联位点。以10kb作为一个单倍型分析的窗口进行基因型分析,在两种模型下同时检测到N4590位点(bin6.05)与死叶指数显著关联。4、利用BC2F2：3分离群体对关联位点(bin5.04, bin9.07)进行连锁作图验证,结果显示：以上两个显著关联位点在遗传连锁分离群体中均能定位到多个耐渍性状的QTL。5、对bin5.04, bin9.07中两个显著关联位点进行了候选基因的预测分析。其功能涉及到转录调节、胁迫响应、信号转导、翻译调节、能量代谢、活性氧物质生成和清除、蛋白降解、次级代谢和转运调节。