饲料成本约占养殖总成本的70%以上,提高饲料效率有利于降低成本。剩余采食量（RFI）是衡量畜禽饲料效率的重要指标。然而,目前大多数RFI的研究仍集中于商品鸡,对于皖南三黄鸡RFI的研究缺乏深入的研究。因此,本研究旨在利用全转录组学挖掘影响皖南三黄鸡RFI的关键基因和通路并探究相关非编码RNA（nc RNA）的转录调控机制。共计1008只皖南三黄鸡被选择为实验材料,测定56-98日龄鸡的生长性能和饲料效率性状。98日龄,利用测算出的RFI值对所有鸡排序,选出高RFI值（HRFI）鸡、中RFI值（MRFI）鸡和低RFI值（LRFI）鸡各25只。测定鸡的屠宰性能、肉品质和血液变量。研究发现选择LRFI鸡更有利于减少鸡的腹脂率（P<0.05）,而不影响生长性能和肉品质。与高RFI组相比,低RFI组的血液中T3、ACTH、皮质醇、LDL-C水平较低（P<0.05）,而血液中IGF-1、GLU、TG水平较高（P<0.05）。从HRFI和LRFI组中各随机抽取5只鸡,采集其胸大肌进行全转录组测序。差异表达基因（DEGs）分析表明HRFI鸡中与炎症反应和免疫应答相关基因上调,而与能量稳态的相关基因和通路下调。其中,ND2、ND4、CYTB、RAC2、VCAM1、CTSS和TLR4是影响鸡RFI的关键基因,涉及ROS产生和炎症反应。而“吞噬体”、“细胞粘附分子（CAMs）”、“柠檬酸循环（TCA循环）”和“氧化磷酸化”是鸡RFI的关键通路。本试验鉴定了不同RFI鸡之间的差异表达lnc RNAs（DELs）,差异表达mi RNAs（DEMis）和差异表达circ RNAs（DECs）。DEMis的靶基因主要富集在“应激反应”和“免疫系统过程”通路。DECs的靶基因富集在“PI3K-AKT信号通路”和“甲状腺激素信号通路”。通过构建lnc RNA相关内源竞争RNA（ce RNA）网络,我们发现差异表达lnc RNAs可能通过竞争结合mi RNAs解除了mi RNAs对免疫相关基因的抑制,ce RNA网络中的靶基因主要参与对信号、刺激和免疫的应答,其中,gga-mi R-133a-5p,gga-mi R-133a-3p和mi R-133-z是ce RNA网络中关键mi RNAs。此外,可变剪切（AS）分析发现皖南鸡体内大约39.7%的基因发生了AS。外显子跳跃（SE）是皖南鸡最常见的AS类型,而内含子保留（RI）则是最罕见的AS类型。差异剪切的基因（DSGs）主要富集在“刺猬信号通路”、“甘油磷脂代谢”和“丙酮酸代谢”三个通路,涉及皖南三黄鸡脂质代谢和糖酵解相关功能。进一步分析发现六个关键DSGs（CREBBP、GAPDH、HDAC8、ARID4A、ARID4B和KDM6A）,涉及能量稳态和繁殖性能。皖南三黄鸡中IGF-1、T3、皮质醇和LDL-C可作为皖南三黄鸡RFI的候选生物指标。RNA测序结果表明LRFI鸡中涉及能量稳态的基因和通路上调,而与炎症反应、刺激应答和免疫应答相关基因和通路下调。nc RNA测序鉴定出一系列影响RFI的关键nc RNAs。AS事件可能参与鸡RFI变异,并影响鸡的脂质代谢、能量稳态和繁殖性能。我们的研究为进一步研究RFI的潜在分子机制提供了新的视野,为皖南三黄鸡多性状选择育种及分子辅助育种策略的制定提供参考信息。