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目的通过对2010年南京市手足口病流行病学及病原学的分析,了解南京市手足口病的流行规律和特点,明确引起2010年南京市手足口病流行的病原,并对主要病原进行基因特征分析。进一步了解其进化规律及特点。方法采集2010年南京儿童医院手足口病患儿的咽拭子标本共248份,使用RD细胞(来源于人横纹肌肉瘤组织)和VERO细胞(来源于非洲绿猴肾细胞)进行病毒分离。经real-time PCR对阳性分离物进行筛选,然后用RT-PCR (reverse transcript polymerase chain reaction,逆转录-聚合酶链反应)方法对分离到的EV71和CoxAl6进行VP1编码区扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测定；选取来自不同临床病例类型的20株EV71与其EV71的参考毒株序列构建亲缘性进化树,并对其进行核苷酸和氨基酸同源性分析；将分离到的所有CoxAl6进行VP1区核苷酸和氨基酸同源性分析,并构建CoxAl6的亲缘性进化树。结果(1)248份咽拭子标本共分离出146株病毒分离物。其中110株EV71,28株CoxAl6,其他肠道病毒8株,检出率分别为44.35%,11.29%,3.23%。其中有5株为EV71和CoxAl6混合感染。(2)对20株EV71进行VP1区核苷酸和氨基酸分析,发现其彼此间同源性较高,分别为95.51%-100%和98.32%～100%。构建EV71亲缘性进化树显示20株EV71与C4a基因亚型的代表株处于同一分支,属于C4a基因亚型。(3)对28株CoxAl6进行VP1区核苷酸序列测定分析,发现它们在VP1区核苷酸水平和氨基酸水平上有一定差异,同源性分别为90.01%-100%和97.98%-100%。与CoxAl6各基因型和基因亚型的代表株构建的亲缘进化树中显示,28株CoxAl6与B2基因亚型的代表株处于同一分支,说明本地流行的CoxAl6属于B2基因型,且存在多个传播链。结论2010年引起南京市手足口病流行的主要病原为EV71(?)CoxAl6;在南京流行的EV71和CoxAl6分别为C4a和B2基因亚型；手足口病的临床病例分型与EV71的基因型无相关性；5株与EV71混合感染的CoxAl6与单独感染的CoxAl6在VP1区并未发现有明显差异；EV71和CA16的混合感染并未加重病人的病情。