水稻在农作物生产和加工中处于非常重要的位置,在全球197个国家中就有超过100多个国家和地区栽种不同品种稻米,近些年,随着我国国民经济不断稳步发展,国民生活水平和质量达到了前所未有的高度,人们将已经不再满足于吃饱,而是吃好,对稻米口感及保健功能有了更高的追求,与普通水稻相比特种稻中则含有更高含量的花色苷类物质,由于其独特的功能性,而被广泛的应用于清除人体体内的自由基、增殖叶黄素、抗肿瘤、抗炎、预防糖尿病、保护视力等。从而使得特种水稻遗传改良成为当前水稻育种的热点之一。本研究以140份水稻种质资源作为试验材料,对花色苷及苯丙氨酸解氨酶、肉桂酸-4-羟基化酶、花青素合成酶等3个相关酶含量进行测定分析,并同时利用存在于水稻染色体上的85个SSR分子标记进行群体结构和亲缘关系分析,利用Tassel3.0软件中的GLM和MLM两种模型进行性状与分子标记的关联分析,以期筛选出一些花色苷及相关酶含量相对较高的稻米品种,找到与之相关联的SSR位点,并进一步挖掘优异等位基因及相应的载体材料,为利用分子标记辅助选择培育高含量的花色苷水稻新品种奠定了理论基础。本研究有以下结果:(1)通过对140份水稻品种资源中所含花色苷及3个相关酶含量的测定分析,筛选出花色苷含量相对较高的品种黑稻-3、黑糯1号、红糯1号、黑紫谷等;苯丙酸解氨酶含量相对较高的品种降糖稻、黑紫谷、尚州粘、黑稻穗等;肉桂酸-4-羟基化酶含量相对较高的品种绥红香、龙香稻1号、早黑2、红皮米等;花青素合成酶含量相对较高的品种花芒、京宁3号、巨楼、秋丰等;筛选出黑紫谷、黑优米、7366、富士光、红谷、红壳、屉锦等7个品种,同时具有两种酶含量均相对较高的品种。(2)水稻花色苷及相关酶含量间均存在一定的相关性。所测稻米花色苷含量与苯丙氨酸解氨酶含量达到了极显著正相关,与肉桂酸-4-羟基化酶含量、花青素合成酶含量达到显著正相关;苯丙氨酸解氨酶含量与花青素合成酶含量达到正相关,与肉桂酸-4-羟基化酶达到显著正相关;肉桂酸-4-羟基化酶与花青素合成酶含量达到显著正相关。(3)通过对140份水稻花色苷及相关酶含量表型数据与85个SSR标记位点的关联分析得出,在GLM和MLM两种模型阈值均为P<0.01条件下共检测到与不同性状达到显著相关联的位点共47个,表型贡献率的变异范围为2.11%～15.32%。(4)检测到的标记位点中共挖掘出花色苷及相关酶含量的优异等位基因16个,同时还挖掘出一些携带多个优异等位基因变异的载体材料,例如:红谷、红珍珠、小黑米、花芒等携带3个优异等位基因,6B-7、绥红香、绥098038、元子粘稻、红珍珠等带2个优异等位基因。