食源性耐药细菌的不断出现致使其成为人们在食品安全领域关注的焦点。动物源性耐药细菌的产生和扩散主要是由抗生素在养殖过程中的大量使用引起的。研究表明,动物源性耐药细菌可以通过直接接触、肉食品加工链以及环境污染等途径将其耐药性和耐药基因传播给人类,对人类的健康造成巨大的威胁。本论文致力于研究生猪养殖环境及猪肉样品中多重耐药细菌及耐药基因的分布,并利用荧光定量PCR对部分样品中所含的耐药基因进行定量分析,同时使用变性梯度凝胶电泳(DGGE)研究各环境及猪肉样品的细菌群落结构,最后使用宏基因组高通量测序的方法全面了解养殖场土壤中的耐药基因分布,并发掘新的耐药基因。实验从厦门某大型规模化生猪养殖场环境及猪肉样品中分离出多重耐药菌株102株,其中大肠杆菌(Escherichia coli)为最常见耐药菌株,其次为柠檬酸杆菌(Citrobacter sp.)、克雷伯氏菌(Klebsiella sp.)以及志贺氏菌(Shigella sp.)。16S r DNA同源性分析结果表明,在猪肉样品的分离菌株中,有70.3%的大肠杆菌和50%的柠檬酸杆菌与分离自环境样品的菌株具有100%的同源性。药敏实验结果显示,磺胺、甲氧嘧啶、四环素、庆大霉素、链霉素、氯霉素是最常见的耐药抗生素。耐药基因PCR扩增结果与药敏实验结果具有较高的一致性,检测结果显示,磺胺类(sul I),甲氧嘧啶(dhfr I),氨基糖苷类(aad A,aac(3)-I,aph A-1,aac(3)-IV),氯霉素(cat I,cml A),β-酰胺类(bla SHV,bla OXA,bla TEM),氟苯尼考(flo R),四环素类(tet(A),tet(B))抗生素耐药基因为分布最为广泛。Ⅰ类整合子广泛存在于多重耐药菌株中,其携带的aad A22、dfr A17-aad A5和dfr A12-aad A2基因盒最为常见。细菌接合实验表明,含有耐药基因盒的整合子可以通过可移动质粒在不同细菌间进行传播。DGGE结果显示,各环境及猪肉样品都具有丰富的细菌多样性,土壤与粪污样品间部分细菌的同源性较高。荧光定量PCR结果表明,在环境样本中,sul II、sul I、tet(A)、tet(M)以及aad A含量相对较高。在猪肉样品中,tet(A)、tet(B)和tet(M)平均含量较高。宏基因组高通量测序结果显示,养殖场土壤中存在大量的耐药基因,部分基因如氯霉素flo R、β-内酰胺类、四环素tet(36)以及杆菌肽类抗生素bac A-1~bac A-9等耐药基因与已知的耐药基因同源性较低,可视为较新的耐药基因。本论文研究结果表明,抗生素的使用致使多重耐药菌产生,且与养殖环境及猪肉中耐药基因的含量成正相关;各样本细菌多样性丰富,但可培养多重耐药优势菌相对稳定,部分不同来源的多重耐药菌株同源性较高,且耐药谱及所含耐药基因相似;养殖场土壤中含有大量耐药基因,是发掘新耐药基因的重要资源;耐药细菌及基因存在通过食品加工链传播给人类的可能。