目前,大量研究表明我国公办高校内部管理机构设置与运行方面存在诸多问题,由于民办高校办学职能与公办学校的统一性,同样弊端和问题也显性存在于民办高校中。高校内部管理机构设置与运行方面存在的问题已经成为制约高校发展的瓶颈和障碍,亟待解决。首先,本文以H大学为例,通过座谈、研讨和专家咨询将H大学机构设置和运行方面存在的问题归纳为:机构臃肿、管理层级多、人员严重超编、机构职责定位不清、办事效率低下、服务意识与能力差、内部协作能力差等方面。并对H大学进行组织结构变革的动因和可行性进行了分析,在此基础上成立项目管理机构。其次,开展问卷调查进行实证研究,并通过因素分析、描述性统计、相关分析、回归分析、方差分析、匹配样本t检验,对问卷的效度、研究假设进行了验证。通过对各问卷提取因素的描述性统计和对不同人口学变量的比较分析与讨论,形成了研究结论。再次,在运用组织变革理论的基础上,从组织变革内容的职能结构、层次结构、部门结构、职权结构等四个方面,提出H大学大部制改革方案内容设计要围绕机构重组、职责再造、流程再造、制度再造等四个方面进行。在结合科学决策、弹性运行、监督评估、综合服务等方面的基础上设计了H大学大部制改革方案。为保证H大学新的组织机构高效良性运转,研究建立了改革的保障体系作为方案的配套措施。在H大学项目推行过程中,研究将将其分成四个阶段,并对项目推进的和阻力因素进行了分析。最后,研究将H大学项目没有实施的原因分析归纳为:误解方面的阻力、利益方面的阻力、习惯性方面的阻力、变革后果不确定性方面的阻力。并提出了相应的解决思路:加强中层管理人员参与项目的程度;建立完善的沟通与反馈渠道;加强项目运行过程中的制度和流程的设计等。