自然保护区是我国《环境保护法》保护的十四种环境要素之一，其得到保护的状况直接反映了我国文明的进步程度。新疆位于欧亚大陆腹地，地域辽阔，是典型的内陆干旱地区，自然环境区域差异明显，自然景观多样，拥有森林、荒漠、湿地、草原、沙漠和高原苔地等各种类型的生态系统，野生动植物资源丰富。截止到2006年6月，新疆维吾尔自治区共建立各级自然保护区35个，面积2210万公顷，建立的自然保护区面积位居全国前列，但在实际管理管理中却存在着较多的问题。通过对新疆境内的甘家湖梭梭林国家级自然保护区（以下简称“甘家湖保护区”）和卡拉麦里山有蹄类自然保护区（以下简称“卡山保护区”）进行了现状调查，采用走访保护区管理站、收集保护区规划资料、环境影响评价资料、政府公函等资料的方式，对保护区的现状进行了评价；通过实地样方采集，对保护区的植被类型、盖度、分布、土壤分布、土地利用、水土流失现状进行评价；使用ArcMap软件解译卫像图片，制作保护区植被覆盖图、植被分布图、植被类型图、土地利用类型图、土壤分布图等。发现被调查的两个保护区均存在着保护区基础设计较差、保障资金不足、周边企业及居民影响严重等共性问题和保护区面积数次调整、公路设施分割保护区等个性问题。并提出了对于这些问题的解决方案，首先应加快新疆维吾尔自治区自主立法工作，尽快制定《新疆维吾尔自治区自然保护区法》以提高法律效力，将自然保护区纳入法律的保护范围。通过对国际上保护区立法较为优秀国家的调查，发现这些国家的自然保护区建设和管理中保护区有严格的法律制度，完善的保障机制和齐备的基础设施建设。结合新疆自然保护区立法工作的现状，提出制定的《新疆维吾尔自治区自然保护区法》，应明确自然保护区的法律地位，完善原有法规的漏洞，将“环境影响评价制度”纳入新法，明确规定自然保护区的资金保障机制，建立健全的公众参与制度，严格落实自然保护建设和管理的环境问责制度，并将其纳入政府的考核机制。应停止对卡拉麦里山有蹄类自然保护区的破坏行为，严格约束准东煤炭产业带的开采范围，确保留出足够的缓冲区域；强行拆除保护区内铁丝网等违法建筑；国道216线穿越保护区部分设置野生动物迁徙通道、限速标志、减速带等设施。