本文采用实证检验的方法,对我国军工上市公司的股权结构、公司治理和经营绩效之间的关系作了深入研究。在实证过程中,本文选取了48家军工上市公司2005-2008年的相关数据,将股权结构变量、公司治理变量分别与多项经营绩效指标做了回归分析。实证结果表明：国有股比例与军工上市公司的经营绩效存在显著的正相关关系；法人股比例与净资产收益率及资产周转率呈显著的负相关关系,而与总资产增长率呈显著的正相关关系；流通股比例、股权集中度均与公司的经营绩效存在显著的负相关关系；管理层持股比例和公司经营绩效之间呈不显著的正相关关系；董事会规模和监事会规模分别与公司经营绩效呈显著的正相关关系；独立董事占董事总数的比例与公司经营绩效呈显著的负相关关系。在上述结论的基础上,本文分析其原因之后结合军工上市公司的实际情况提出了完善其股权结构、公司治理机制,从而改善公司经营业绩的政策建议。