本研究对中国318份粳稻地方品种进行遗传多样性分析和耐冷性关联分析，旨在为中国粳稻地方品种多样性研究和水稻耐冷性分子标记辅助选择以及育种提供理论依据。本研究得到结果如下：　　 (1)利用184对SSR标记，检测了318份试验材料，共检测到1429个等位变异位点，每个SSR位点检测到的等位变异数为2～31，平均等位变异数为7.78个，其中RM2010、RM206、RM1337、RM333、RM528和RM257位点的等位变异数较多；184个SSR位点的基因多样性指数差异较大，平均值为0.5354，变幅为0.0000～0.9489，其中RM206、RM2010、RM257和RM1337位点的基因多样性指数较大；各省份间粳稻地方品种的遗传相似系数变异范围为0.234～0.902，平均值为0.683。　　 (2)地理位置相近的省份粳稻地方品种的遗传相似系数较大，基本可以聚为同一个类群，而地理位置较远的省份遗传相似系数较小，它们聚为不同类群。　　 (3)在公共图谱上不论共线性的或是非共线性的SSR位点组合都有一定程度的LD。对材料的实验数据进行遗传结构分析发现，中国粳稻地方品种由2个亚群体组成，这两个亚群体的划分与品种所在的地理位置有一定的联系。　　 (4)自然低温条件下有19个SSR位点与材料的农艺性状关联，冷水胁迫条件下有24个SSR标记与性状关联。同一性状关联的位点在连锁群上有集中分布的趋势：与有效穗数、穗粒数、结实率产量关联的位点(次)有26个，与株高关联的位点(次)有17个；同一位点与多个性状相关联的情况较多。同一性状在自然低温条件和冷水胁迫条件下检出的关联位点大多不一致，只有小部分位点在两种环境下表现与同一性状关联。　　 (5)关联的位点中累计有14个位点与遗传群体连锁分析定位的QTL一致。