本文共使用252条10-mer的随机引物对遗传背景相似的兄妹交分离出的17对可育株和不育株亚麻进行RAPD分子标记及特异片段序列分析的研究,对HotStart Tag DNA聚合酶浓度、退火温度、dNTP浓度以及模板DNA的浓度进行了优化,从而得出了各因素最适的RAPD反应体系。通过对产生多态性带的引物至少5次的筛选,结果发现在252条随机引物中有三条引物,即S62、S135和G06均可在遗传背景相似的兄妹交分离出的可育株和不育株亚麻中,获得稳定的多态性差异带。据统计S135、S62和G06各引物出现的稳定的多态性差异带的频率分别为71.4%、75.0%和83.3%。其中引物S62和引物S135都能在不育株上获得一条稳定多态性差异带,而在相应的可育株上却没有,根据引物名以及片断大小将该差异带暂时命名为S62-500和S135-350。引物G06却相反,而是在可育株上获得一条稳定的多态性差异带,相应的不育株上却没有,并且也将该差异带暂时命名为G06-650。将RAPD标记得到的三条差异片段回收、克隆及测序,然后用BLAST进行序列分析。结果表明序列S62-500、S135-350和G06-650都与水稻的不同染色体DNA具有一定的同源性。通过分析,我们认为序列S62-500与亚麻核不育有着密切的关系。序列S135-350与亚麻核不育基因及其不育性的恢复基因有关。而序列G06-650可能与控制亚麻的显性早熟基因有关。