增值税是对商品或劳务在流转过程中产生的增加值额征收的一种流转税,是目前世界各国普遍征收的间接税。自1979年引入增值税以来,增值税已逐渐成为了中国最主要的间接税税种,是中国税收制度的重要组成部分。但在实践中,增值税重复课税、行业覆盖不完整等问题日渐凸显,加剧了资源误置。为此,自2004年开始,增值税经历了由生产型向消费型增值税转型、“营改增”以及税率兼并等一系列重大改革,逐步优化其税制,以适应中国新常态下的经济发展,降低因税制缺陷导致的资源配置效率损失。由此,本文基于中国增值税多档税率引发的企业有效税率差异化的基本事实,验证行业内有效税率差异是否会影响资源配置效率,以及如何造成资源误置。首先,阐明了中国增值税制度存在多档税率并存的特点与存在的问题,而增值税差别税率导致的企业增值税有效税率差异势必会改变产品和生产要素的相对价格,造成行业内企业间有效税率的差异,进而扭曲企业和消费者的行为,引发资源配置扭曲的效率损失。其次,本文构建了行业内增值税有效税率差异影响全要素生产率分布从而导致资源误置的理论模型,基于1998-2007年规模以上中国制造业企业数据,利用行业内全要素生产率及有效税率的标准差作为度量资源配置效率及有效税率差异的代理变量,构建计量模型检验行业内企业间的有效税率差异影响制造业全要素生产率离散程度,从而引起资源误置的效应,分析结果表明:有效税率差异确实带来资源配置的效率损失,四位数行业的平均增值税有效税率差异上升1个百分点,将引起行业全要素生产率离散程度上升0.0896个百分点。同时,从引起内生性的测量误差、遗漏变量和联立性偏误三大来源对本文基准回归进行了稳健性分析,以验证结论的稳健性,结果表明:无论是替换相关指标、加入所得税影响,亦或考虑增值税转型冲击、加入工具变量,结论均支持本文基准回归的结论,即企业间有效税率差异是解释中国制造业行业资源配置效率的重要原因。再次,本文从有效税率差异影响企业内部和企业间资源配置的两个渠道,通过构建计量模型,分析了有效税率差异引起资源误置的微观机制,即形成增值税有效税率差异资源误置效应的原因,结果表明:(1)差异化的有效税率对生产率异质性企业存在非对称影响,高生产率企业的生产率提升幅度大于低生产率企业(事实上,低生产率企业的有效税率差异还阻止了企业生产率增长),最终表现为行业内企业生产率离散程度的扩大;(2)差异化的有效税率引致异质性生产率企业的进入和退出(或称企业更替),即优胜劣汰机制,使得低生产率企业依靠自身垄断优势进入市场、促进中高生产率企业退出市场,导致行业内企业间的资源误置。在前述研究的基础上,本文进一步从行业、地区和时间维度展开异质性分析,结果发现,无论在行业、地区和时间层面上,增值税有效税率差异的资源误置效应都存在显著的差异性,具体来说:(1)在行业层面上,适用优惠税率行业的有效税率资源误置边际效应显著大于适用法定税率行业,低投入比的行业显著大于高投入比行业,资本密集型行业显著大于资源、技术和劳动密集型行业;(2)在地区层面上,增值税有效税率差异化对西部造成的资源误置效应最为严重,东部次之,中部和东北地区较弱;(3)在时间层面上,随着有效税率差异逐步扩大,多档税率政策所带来的资源误置效应也在不断扩大。最后,基于研究结论以及中国增值税税率结构的现状,提出一些政策启示,以期为“后营改增”时代增值税制度的完善提供参考:(1)简并增值税税率,完善税率结构;(2)打通抵扣链条,完善增值税抵扣制度;(3)识别异质性企业特征,缩小企业间有效税率差距;(4)制定差异化政策,激励企业技术进步等。