科研机构的企业化转制是国家科技体制改革的重要内容之一,根据科研机构的性质的不同,其转制也分为两种类型。一种是技术开发型科研机构以进入其他企业或整体转为中介机构等方式进行企业化转制;另一种是社会公益型科研机按照非盈利机构管理和运行。科研机构的企业化转制,有效地将其从以前事业单位所特有的种种限制中解脱出来,运行机制比以前更加灵活。但是,长期的计划式运作及国家的保姆式扶持使科研机构养成了思维禁锢、缺乏进取等不良风气,突然之间发生的体制改变使科研机构变得措手不及,无论从观念上还是从管理水平上,科研机构大都没有做好足够的准备来应付参与市场竞争,从竞争对手口中夺食的新形势。重点表现在其内部控制体系不健全,或者建立了内部控制制度,但执行效果较差。本文采用规范分析与实证分析相结合、定性分析与定量分析相结合的研究方法。从天津市实施科研机构企业化转制后,内部控制的现状分析入手,结合对国内外内部控制理论发展的详细总结分析,得出“解决科研机构转制后存在的诸多问题的最好方法是实施基于审计的内部控制”这一主题。同时,本文还设计了基于审计理论的科研机构内部控制制度评价模型,并以两个典型的科研机构为例子,详细阐述了评价模型的用法,使模型具有较强的可操作性,对各科研机构有效地实施内部控制具有较高的参考价值。