在二十世纪传统科学发现的哲学研究中一直没有很好地解决科学中的创造性问题。本文以自组织理论这一新的角度、新的观念和方法结合案例分析从社会和个体两个层面探讨科学发现的创新规律。论文通过DNA双螺旋结构发现过程的研究,提出科学发现在一定意义上是时代的产物,是一种自组织过程。文章结合案例首先从社会整体层面揭示科学发现的自组织。科学发现的产生首先需要一个开放的环境,需要外部环境向它投入一定阈值以上的物质、能量和信息。科学发现自组织系统的动力为:科学发现认识系统中理论思维与观察实验间的相互作用、科学发现社会系统中科学家之间的竞争与协同、科学发现知识系统中学科内部及学科之间的相互作用,以及科学发现三系统的互动所构成的非线性关系网络。我们用“超循环”思想刻划科学发现的过程:科学发现研究始于问题,基于观察、实验,构思出假说,经历检验,形成为初步理论,最后又提出新问题,构成一个超循环。其中问题、假说、理论又都构成为自循环。科学发现系统内部的这种循环协同作用,与涨落触发作用以及外部环境的选择作用结合在一起,导致了科学发现的成功。文章接着又从科学家个体创造性思维系统阐述了人类思维的智慧之果是如何自组织产生的。结合案例我们分析了创造性思维活动的自组织运动过程及其形成的机制条件。思维创造活动自组织形成的机制条件可概括位:思维创造系统的开放性、思维创造系统的远离平衡态的存在性、思维创造活动内部的非线性相互作用、思维创造活动的随机涨落。无论从社会整体系统还是从个体创造性思维系统考察,科学发现都表现出自组织性。