证券综合治理是中国证券市场一次重要的制度变迁，其开展使得中国证券行业的运营环境实现了很大程度上的质的改变。研究综合治理前后证券业整体宏观制度环境的变化对证券公司效率的影响，在理论和实践方面均具有重要意义。本文从制度经济学角度，基于综合治理的淘汰效应、分类扶持效应和竞争效应分析了综合治理对中国证券公司效率的影响机制，并运用会计研究法和DEA方法，选取2002年—2009年可得的全体样本证券公司的财务数据进行实证研究，系统观察了证券公司在综合治理前后的效率变化。在此基础上，本文对比分析了不同类型的证券公司效率的差异，并对影响证券公司效率的各种因素进行了回归分析。本文研究发现：综合治理前后证券公司整体的效率变化显著，随着综合治理的开展和深入，证券公司效率稳步提升；综合治理过程中证券公司效率的提升幅度大于治理结束之后的提升幅度，但后者更为稳健，说明相比淘汰效应，得益于分类扶持效应和竞争效应的效率提升更具有可持续性；全体样本证券公司的纯技术效率值均高于规模效率值，整体的规模效率仍有待进一步提高；创新类公司的效率始终高于规范类公司效率，说明分类监管政策的实施有利于优质证券公司效率的提高；同时回归结果表明，综合治理因素对创新类公司的影响更为显著，进一步验证了分类扶持效应的存在。要进一步提升证券公司竞争力，巩固前期综合治理的效果，实现可持续发展，本文认为可以从以下几个方面采取对策：鼓励行业并购，提高证券公司规模效率；进一步加强风险管理与成本控制；深化分类监管，强化分类扶持效应；推进业务创新，提高竞争效应。