我国高等教育已进入大众化阶段，人们有更多接受高等教育的机会，但是高等教育领域的公平问题也逐渐引起人们的关注。本文侧重从区域层面测度高等教育大众化以来教育公平问题，以高等教育入学机会公平、高等教育性别公平、高等教育公共资助公平为测量维度。高等教育大众化促进了地区间的入学机会公平，经济发展水平对高考指标分配具有重要的导向作用，高等教育相对公平指数与经济发展水平成正比。中国的高等教育大众化促进了高等教育入学机会的性别公平，目前在总量上男女两性高等教育入学机会已经达到公平。分层次而言，男女两性在普通高校本科层次的差异在逐步缩小，而在专科层次已达到公平。但在研究生教育层面上男女性入学机会的非公平仍然存在，在高等教育大众化进程中呈倒U字型曲线。在大众化初期男女性机会差异不断扩大，随着高等教育大众化的深入又转向逐渐缩小的趋势。在学科层次方面，人文经管类女性高等教育入学机会远远超过男性，理工类男女两性高等教育不公平仍然比较突出。十多年来的高等教育扩张加剧了享受公共资源的不公平。扩招后中央和地方大学的公共经费分配的不公平增大了，地方高校的公共经费不公平变化大于中央属高校；各地区高校生均预算内教育事业费占生均教育事业费的比例差距很大，中央属大学之间生均预算内教育事业费差距不大。以公立高校为主的高等教育结构、大学布局的非均衡、条块分割的管理体制、成本分担制度的全面实施和就业制度改革以及分省定额录取制度等高等教育管理制度，中国区域经济发展的非均衡和城乡二元分割的社会经济结构等制度性因素共同造成了我国高等教育的不公平。在改善高等教育不公平方面，政府需要改革分省定额录取制度，增加学校和学生的选择自主权。中央政府需要对高等教育公共资助条件差的区域的地方高校承担更多的责任，按地方经济、社会和基础设施条件改善高校分布。