20世纪90年代以来，科学技术的日新月异，深刻的改变了国际贸易运作的方式和速度，随着经济全球化进程不断加快，促进贸易安全与便利化成为国际贸易的两大主题，海关被赋予了许多新的职能。“9·11”事件后，恐怖主义等影响国家安全，威胁国际贸易供应链安全的非传统因素引起各国普遍的关注，国际海关纷纷重新定位海关的角色，拓展海关职能，重组海关机构，掀起了一股海关现代改革的浪潮。　　 自1998年我国海关总署做出建立现代海关制度决定以来，我国海关现代化改革稳步推进，建立现代化的海关管理制度，更好的实现海关各项职能是现代海关制度的核心目标。机构是职能实现的载体，海关的现代化离不开组织机构的优化升级。本文对我国海关现代化进程中组织机构的改革进行研究，在介绍了当前我国海关组织机构设置现状后，从当前海关组织机构设置存在的主要问题以及海关非传统职能的兴起两个角度重点分析了海关现代化过程中组织机构改革的必要性。接着本文对美国海关的组织机构改革进行研究，认为美国海关对反恐职能的加强是其机构重组的重要原因，并分析了改组后的美国海关组织机构设置的特点。最后，提出了我国海关组织机构改革的设想。本文认为海关知识产权保护职能将成为我国海关的职能重点，为此，围绕此职能本文从机构设置，运作流程、人员管理等角度提出了海关机构改革的设想。