目的:揭示古菌在不同岩溶环境的群落构成、系统发育关系、分布特征以及影响因素,验证改良型实验方法在古菌分离纯化过程中的可行性,为发掘岩溶环境微生物资源应用于医药领域提供数据和技术支持。方法:采用包括序列比对、系统发育分析、相似性分析、主坐标分析和指示种分析在内的生物信息学分析方法,对18个已报道的岩溶环境古菌的16S rRNA基因序列进行分析;以桂林会仙岩溶湿地沉积物为研究材料,采用“Hungate厌氧操作+划线纯化”这种改良型的实验方法,在产甲烷条件和甲烷氧化条件下对岩溶环境微生物进行分离纯化,通过16S rRNA基因序列分析进行菌种鉴定,并测定不同p H和Ca2+浓度条件下纯化菌株的生长曲线。结果:按照最新古菌分类标准对不同岩溶环境古菌的群落组成进行重新解析后,发现岩溶环境中的主要古菌类群为:奇古菌、热源体古菌、纳古菌、广古菌和深古菌,各个岩溶环境中古菌群落组成与原文献中所描述的都存在差异,古菌门的名称和占比发生了改变;通过生物信息学分析发现古菌群落组成主要受到地域和气候影响,不同岩溶环境存在相同的古菌,也存在各自特有的古菌类群。在微生物的纯化和鉴定中,获得了24个微生物的纯培养物并将其16S rRNA基因序列提交至Gen Bank数据库,经过16S rRNA基因序列分析发现它们都属于细菌,分布于Stenotrophomonas、Beijerinckia、Aeromonas、Enterobacter、Paenibacillus和Macellibacteroides六个属中,这些微生物除Beijerinckia和Paenibacillus两个属的菌株外都曾发现于人类肠道中,属于条件致病菌。通过研究p H和Ca2+（一种肠道益生元）对这些菌株的影响发现,除了Stenotrophomonas和Beijerinckia属的菌株外,其余4个菌株都偏爱碱性环境,150 mg/L浓度的Ca2+对4株潜在病原菌中Stenotrophomonas和Aeromonas属的菌株有抑制效果,对Enterobacter和Macellibacteroides属的菌株无显著影响。结论:揭示了在最新古菌分类标准下18个岩溶环境中古菌的群落构成、不同岩溶环境间古菌的系统发育关系以及影响古菌群落构成的主要因素;虽未能分离出古菌,但是证实Hungate厌氧操作技术结合划线纯化法在厌氧微生物分离纯培养中是可行的;分离出了24株具有潜在科研和应用价值的细菌,同时还发现益生元Ca2+对潜在病原微生物的直接影响效果依菌种不同而呈现差异。