油菜是世界范围内广泛种植的具有经济效益的油料作物,油菜种子不仅能产生具有很高营养价值的菜籽油,并且因其含有与柴油相似的成分望成为解决石油能源匮乏的生物代替品,甘蓝型油菜千粒重性状属于连续变异的数量性状,受多基因控制,并且受环境影响,常规育种手段很难对数量性状进行进行定向改良,分子标记技术的发展为分子标记辅助育种提供了可能,目前许多育种家利用分子辅助育种在遗传水平上对油菜产量进行提高,以达到高效高产的目标,本研究利用SSR标记对甘蓝型油菜进行全基因组扫描,同时对甘蓝型油菜进行遗传多样性分析和群体结构分析,并结合两年的的千粒重表型数据和基因型数据,开展全基因组关联分析,进而挖掘一些千粒重优异等位变异以及携带优异等位变异基因载体,对深入揭示油菜种质资源遗传多样性变异规律,发掘优异种质或新基因具有重要意义。具体内容及结果如下:1.SSR-PCR反应体系、反应程序及染色方法进行优化:利用正交实验对Mg2+、dNTP、引物、Taq酶4个因素设计了3个水平进行优化实验,又进行反应体系温度和银染液浓度优化,获得最佳体系:10×buffer、1.5mmol/LMg2+、0.1mmol/LdNTP、0.4mmol/L引物、0.05U Taq酶、100ng/ul模板,加ddH20补足10ul,最适PCR反应程序94℃预变性3min,94℃变性30s,60℃30s,72℃45s进行1个循环,接下来的8个循环每循环降低0.5℃,共9个循环,然后进行94℃30s,57℃30s,72℃45s,进行36个循环,最后72℃延伸10min,4℃保存,银染采用强碱银染法,银染时间确定为20min,银染液最适浓度0.1%,确立了一套适合甘蓝型油菜SSR-PCR的反应体系。2.利用108对SSR引物对171份甘蓝型油菜进行遗传多样性分析和聚类分析,共扩增出307条带,其中有多态性的带有295条,多态性为96.1%,POPGENE软件分析结果显示:期望杂合度(He)、多态信息量(PIC)、和Shannon信息指数的平均值分别为0.39、0.67和0.73,表明171份甘蓝型油菜存在较高的遗传多样性,利用Ntsys软件分析结果显示遗传相似系数在0.5514658~0.944264之间,平均相似系数0.755626,并采用UPGMA聚类分析和群体结构分析可将171份材料分为3个主要类群,两种方法分类结果具有较高的一致性。3.利用108对SSR分子标记形成的5780个成对组合位点进行连锁不平衡分析,共有638个位点存在一定程度的连锁不平衡,占总位点组合数的11.04%,但连锁不平衡程度较低大部分集中在0~0.2之间,基于r2统计概率p<0.01支持的不平衡位点组合数为238个,占总组合位点的4.12%。4.利用Tassel2.0软件中一般线性模型(GLM)对108个SSR分子标记位点与两年的千粒重表型进行关联分析,共检测出18个与千粒重性状相关联的位点(p<0.05),其中有4个标记在两年中被重复检测到,分别为GR324、GR280、GR304、GR336,与千粒重性状显著相关联的位点有4个(p<0.01),分别为GR324、GR280、GR332、GR339。5.在关联分析的基础上进一步分析与千粒重性状显著相关联的优异等位变异,发掘具有千粒重优异等位变异的典型载体材料,结果表明:在与千粒重显著相关联的位点的等位变异中,增效效应最大为GR280-152,效应值为+0.71g,减效效应最大为GR332-220,效应值为-0.43g,而材料140携带3个不同增效等位变异,材料164携带两个不同的增效等位变异,材料138携带2个不同减效等位变异,获得典型增效效应载体材料140、164,典型减效效应载体材料138。