甘蔗黑穗病是由黑粉菌(Ustilago scitaminea Syd.)引起的一种最主要的甘蔗真菌性病害,严重影响蔗茎产量和质量。抗黑穗病育种一直是甘蔗育种的重要目标和当前生产上急需解决的关键问题。为此,本研究以甘蔗高抗黑穗病品种NCo376为试验材料,利用cDNA-AFLP和银染技术,研究了黑穗病菌优势小种2胁迫下甘蔗基因的差异表达,获得了136个差异表达片段,从中挑取40个差异片段,经过克隆、测序和RT-PCR标记验证后,筛选到37个诱导后差异表达的片段,其中31条为特异表达(诱导或缺失)片段,6条为表达量差异(上调或下调)的片段。在NCBI上进行blastx同源性分析显示,34条差异表达基因序列可能在甘蔗与黑穗病菌互作响应中起作用,其功能涉及细胞拯救与防御、细胞内运输、新陈代谢、核酸代谢、转录、蛋白合成与修饰及信号传导等生物学过程;其余2条差异表达序列与玉米mRNA序列同源性高,达86%和80%,1条与甘蔗叶绿体DNA序列同源性高,达96%。此外,为了验证差异表达基因的真实性,研究还选取其中3个差异表达基因(SUC09、SUC06和SUC10),以甘蔗组织为材料,利用RT-PCR标记,研究了接种组0-72h时间段之间7个时间点的基因差异表达,并证实了所获得基因序列为真实的诱导表达序列。研究结果为甘蔗抗黑穗病分子育种奠定物质和技术基础,也填补了甘蔗与黑穗病菌互作后基因差异表达研究的不足。