创新是社会发展的动力,但创新的高成本和不确定性使得企业倾向于进行合作,但随着信息技术的推广,形成了许多新兴业态,其市场是局部垄断的。为了更好的致力于提高企业的产品质量,上下游企业间往往选择合作紧密、相互熟悉、竞争力强的企业在一定的时间范围内合作研发,以此来实现降低风险和成本、优势互补、资源共享等优势。同时,国家对企业创新能力的重视促进了政府对研发企业的补贴政策,从而激励更多的企业进行研发创新活动。文中正是立足于企业选择纵向研发合作来进行创新进行研究。通过对大量国内外文献研究发现,目前的企业研发合作等相关研究多集中在某个角度的分析探讨,如政府介入的角度、合作研发的角度、协调机制的角度等方面的单独研究,或者考虑技术溢出的影响给出一些对策建议。没有深入、全面、系统的分析与比较。基于此出发点,针对局部垄断市场的上下游企业,在充分考虑政府力量介入的基础上,深入分析垂直外溢条件下产业链的研发合作行为。运用对比分析和博弈论的方法进行探索,针对政府的无补贴政策、成本补贴政策和产品补贴政策,结合不同的研发对象(上游研发、下游研发、上下游同时研发)分别构建了三种政策下的无协调机制、有协调机制、合作博弈和社会福利最大化四种机制状态下的36种不同模型,利用逆向归纳法分别计算求解出纵向研发合作的上游、下游企业的最优研发投入、最优产量、最优产业链利润、最优成本补贴、最优产品补贴、最优分担比例等,判断出各变量在垂直外溢影响下的变化趋势；针对不同的研发对象,通过对同一政府政策下的不同机制状态进行比较,得出上述各变量大小,即企业的最佳竞争机制；同理,通过对同一机制状态下的不同政策进行对比分析,可得出不同机制下的最佳政府政策。通过全方位的分析和比较,其结果不只是为企业制定正确的研发合作策略、解决上下游企业间的利益冲突,实现企业效益和社会效益最大化提供参考,又为政府在不同机制下的不同政策措施提供建议支撑,实现政府政策和企业发展的优化整合。最后通过案例进一步应用分析并提出相应的保障机制。