瓠瓜(Lagenaria siceraria(Molina.)Standley)是一种重要的蔬菜，经过长期的进化和培育，中国的瓠瓜已形成了丰富品种资源，对瓠瓜种质资源的遗传多样性研究，有利于其种质资源的收集、保存，鉴定和合理利用。本研究采用RAPD和ISSR标记相结合，运用谱系聚类分析、主坐标分析对38个瓠瓜品种之间的亲缘关系及遗传多样性进行研究。主要研究结果如下：1．在前人研究的基础上，本研究结合瓠瓜特点，综合考虑各种因素，摸索出一套操作简便、快速、准确的高质量瓠瓜DNA提取和纯化技术。2．在前人研究的基础上，借鉴其它葫芦科作物的研究成果，采用正交试验设计和温度梯度试验优化RAPD和ISSR的扩增程序，摸索出一套适合于分析瓠瓜种质资源RAPD和ISSR反应体系。3．从200条RAPD随机引物中筛选出20条具有明显多态性的引物，对38份瓠瓜材料进行分析，共扩增出203条RAPD标记带，其中多态性条带104条，多态性比率为51.2％；从40条ISSR引物中筛选出12条能够扩增出清晰条带的ISSR引物，共扩增出115条ISSR标记带，其中多态性条带96条，多态性比率为83.5％。4．RAPD和ISSR分析的两组相似系数之间的相关系数r=0.784，(n=703)，表明应用这两种技术对瓠瓜遗传多样性与亲缘关系的分析具有较高的一致性和可信度，但这两种聚类方法在个别品种分类上还存在一定的差异。5．RAPD标记聚类分析将供试的38份种质可分为3个类群8组，主坐标分析将其分为3个类群13组；ISSR聚类分析将供试的38份种质可分为5个类群8组，主坐标分析将其分为4个类群10组。结果表明，应用RAPD和ISSR标记就足以对供试的材料进行有效的类群划分。6．对供试瓠瓜材料RAPD结果进行聚类分析，结果表明：品种间的遗传相似系数在0.22～0.94；而依据ISSR分析结果品种间的遗传相似系数为0.25～0.96。RAPD和ISSR分子标记表现出与瓠瓜的农艺性状分类和地区分布有一定的相关性，揭示了全国不同区域的地方性瓠瓜品种间的遗传多样性、遗传相似性与亲缘关系。