肝癌微环境相关的预后关键基因鉴定及预后模型的构建

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研究背景与目的尽管肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的临床治疗手段近年来取得了重大的进展,但其仍然是常见的消化道恶性肿瘤。迫切需要寻找新的预后生物标志物和分子靶标。因此,本研究旨在鉴定肿瘤微环境相关的潜在预后关键基因,并通过联合临床特征构建肝癌预后模型。研究方法基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中HCC患者的基因表达谱,使用ESTIMATE算法计算每个患者肿瘤样本中免疫细胞和基质细胞的浸润水平(即免疫评分和基质评分)。然后筛选高免疫/基质评分组和低免疫/基质评分组之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并利用生物信息学分析这些DEGs涉及的细胞生物学过程和信号传导通路。随后使用单因素cox分析筛选其中和预后相关的DEGs,并通过四个其他的HCC队列验证这些预后基因,再使用套索回归进一步筛选其中的预后关键基因。最后利用这些关键基因构建预后风险评分和预后模型。预后模型通过C指数和校准曲线来评估区分度和一致性。结果免疫/基质评分高的HCC患者比低评分的HCC患者具有更好的生存获益。本研究总共鉴定出899个DEGs,主要和免疫反应和细胞外基质有关。147个DEGs被认为和预后相关,其中有53个DEGs在4个队列中得到验证,最后10个DEGs被确定为预后关键基因(STSL2,TMC5,DOK5,RASGRP2,NLRC3,KLRB1,CD5L,CFHR3,ADH1C和UGT2B15),并用于构建预后模型,在预测总体存活率方面表现出良好的性能。结论这项研究鉴定了与肝癌微环境相关的预后关键基因,为寻找HCC治疗的分子靶点和预后预测的生物标志物提供一些有价值的方向。另一方面,构建的预后模型可能有助于临床工作者对肿瘤患者实施风险分层、个性化管理,指导后续治疗。
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