独立学院自1999年在浙江开始试办全国第一所起，即如雨后春笋般蓬勃发展起来。截至2010年4月，我国已有独立学院322所、在校生214.8万人。以广东省2006年为例，普通本专科在校生100.86万人，其中，独立院校在校生19.1万人，占广东高校在校生人数18.9%。独立学院的兴起与发展，顺应了社会经济发展对人才的需求、缓和了人民群众对高等教育的渴求；同时，独立学院的发展离不开政府的支持。作为一项新兴事物，独立学院发展之路难免遇到重重挫折，其外部环境和内部管理方面，都不可避免的出现或将会出现问题。因此，营造宏观环境的服务作用、提高内部治理的执行效率，应成为独立学院机制改革中最为迫切的任务。本研究首先对独立学院、运行机制做概念阐述，运用公共产品理论论证政府支持独立学院发展的必要性。鉴于政府在独立学院运行中的作用，引入新公共服务理论，试图说明政府在履行职能时应及时转变管理模式，由原来的掌舵者转变为服务者、监督者。然后通过分析广州（汽车）学院这一案例，探讨独立学院运行机制存在问题及其成因。在比较借鉴美、英、日三国在政策法规制定、资金投放方式转变、办学质量评估体系构建、人才培养模式建立等方面的基础上，提出了解决策略。本文创新之处在于，从宏观、微观两方面对独立学院运行机制进行探讨。宏观层面上，主张政府承担完善法律法规、提供信息服务、创新评估机制等职责，支持独立学院的发展。微观层面上，首先办学机制运作方面，针对各管理层级提出构建高效运行机制的方法；然后针对培养机制，提出构建人才培养模式的途径，认为独立学院应深耕优势项目；最后，新型的运行机制去行政化势在必行。