为从系统科学整体论视角探索重大科技项目合作网络结构理论与评价决策模型,首先在界定重大科技项目合作网络系统相关定义与性质的基础上阐述了合作网络系统与结构界面系统的运行效率及影响因素,然后从项目投入产出、项目组织结构、项目管理过程三个方面对重大科技项目中可能存在的结构界面系统进行了A、B、C三级分类辨识,并在引申和发展传统序参量(MOP)的基础上构建了关键结构界面(系统)识别方法与结构界面系统运行机理模型,之后从层次性、协调度和交叉性三个维度对结构界面系统MOP状态评价问题进行类别划分,并提出了用于解决系统进化过程一次涌现问题(要素→结构界面系统)的SLSP、DLSP、UDDP、BDDP结构界面系统MOP状态的评价模型及分析方法,最后基于ANP的决策思想提出了用于解决系统进化过程中二次涌现问题(结构界面系统→合作网络系统)的合作网络系统整合优化决策模型。模拟验证与案例应用结果表明,重大科技项目合作网络结构理论与评价决策模型具有科学有效性和应用可行性。