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目前设施蔬菜栽培多采用物理处理、种子包衣、化学处理以及种子引发来处理种子催芽后育苗移栽,极大程度降低苗期病害,提高苗期质量,已经广泛应用在多种作物上。而利用能够与植物共生的植物内生菌处理种子研究甚少,为增加生防菌在植物上的全面应用提供参考依据,本试验以“津春4号”黄瓜为试验材料,研究球毛壳菌ND35对黄瓜种子萌发和育苗期生长的影响,首先筛选影响黄瓜种子萌发活力的合适的球毛壳菌ND35孢子悬浮液浓度,其次进一步测定最适浓度球毛壳菌ND35孢子悬浮液对种子萌发促生效果、保护酶活性、活性氧含量、内源激素的变化以及转录组分析调控的促生因子的影响,最后对植物内生菌球毛壳菌ND35进行固体发酵探索,并应用在黄瓜育苗中,验证其促生作用。研究主要结果如下:（1）不同浓度球毛壳菌ND35孢子悬浮液对黄瓜种子催芽试验结果表明,球毛壳菌ND35最佳使用浓度1×106 cfu/mL对黄瓜种子发芽和生长效果最好,发芽势、发芽指数、活力指数分别提高56.94%、19.92%、100.12%,催芽48 h后,黄瓜种子发芽率达100%,胚根长增加117.18%,侧根和毛细根明显增多。（2）黄瓜萌发期间保护酶活性、活性氧含量、内源激素的变化结果表明,1×106cfu/mL的球毛壳菌ND35处理提高了保护酶活性,维持了活性氧的生理范围,刺激内源激素合成的含量,黄瓜种子处理36 h时,过氧化物酶（POD）和苯丙氨酸解氨酶（PAL）活性提高53.64%和10.33%,活性氧（ROS）和过氧化氢（H2O2）在生理范围内提高20.99%和26.72%,植物内源赤霉素（GA）、生长素（IAA）、水杨酸（SA）、茉莉素（JA）含量分别提高34.20%、33.62%、40.07%、15.16%。（3）通过转录组测序分析,基因组比对筛选与种子萌发相关的差异表达基因,球毛壳菌ND35处理种子萌发中,存在6338条差异表达基因,主要以上调为主,球毛壳菌ND35处理24 h时有76条差异表达基因,处理30 h时有288条差异表达基因,处理36 h时有452条差异表达基因,处理48 h有2037条差异表达基因,处理60 h时有706条差异表达基因。利用GO和KEGG两个数据库对差异表达基因进行功能和代谢途径注释。主要影响黄瓜种子植物激素信号转导、苯丙氨酸解氨酶活性、氧化还原酶活性、微管运动活性、光合作用、氧化还原酶过程、3-磷酸甘油醛的代谢等途径促进种子萌发,揭示球毛壳菌ND35在植物种子萌发上促生的分子层面功能和作用。（4）球毛壳菌ND35菌株通过单因素和正交试验进行固体发酵配方筛选结果表明,海棠木屑作为发酵培养基,添加有机肥含量20%,调节含水量为60%、接种8%的1×106cfu/mL的球毛壳菌ND35孢子悬浮液、培养20 d、发酵料体积60%、第12 d进行初次翻料,球毛壳菌ND35发酵产孢量最高,对关键因素进行正交试验组合配方的优化,以海棠木屑80%,有机肥20%,在含水量65%,1×106 cfu/mL的球毛壳菌ND35接种8%,黑暗条件下培养20 d,球毛壳菌ND35孢子含量最多达8.86×108 cfu/g。（5）通过对球毛壳菌ND35育苗基质对黄瓜苗期生长的测定,结果表明,含有1×106cfu/g的球毛壳菌ND35育苗基质对黄瓜出苗和生长促生效果最好,黄瓜根冠比、壮苗指数、G值分别提高45.45%、60.60%、57.14%,黄瓜根系活力增加126.67%,叶绿素a、b含量分别提高53.94%、25.58%。