论文部分内容阅读
背景胃肠道间质瘤(Gastrointestinal stromal tumors, GISTs)是最常见的胃肠道间叶源性肿瘤,可发生于消化道的各个部位,以胃部和小肠多见,有少数病例发生在消化道外的软组织,称为胃肠外间质瘤(extragastrointestinal stromal tumors, EGISTs)。关于EGISTs的起源问题,目前仍存在争议,有观点认为EGISTs实质上是由GISTs过度壁外生长而来。已有大量的研究从不同方面如临床病理表现、生物学行为以及分子遗传特征等,对GISTs进行部位间比较。microRNA (miRNA)是近年来发现的一类大小约22个核苷酸的单链小分子RNA,通过在转录后水平负性调控基因的表达,广泛参与多种生理病理过程,包括肿瘤的发生和发展。miRNA不仅在疾病分类及预后判断中具有重要作用,其作为潜在的治疗靶点也越来越受重视。迄今为止,仅有少量研究关注GISTs中miRNA的表达特征,关于GISTs与EGISTs在miRNA表达水平上的比较则尚未见报道。目的比较GISTs与EGISTs miRNA表达谱的差异,分析可能的影响因素,并筛选出相关miRNA,为GISTs在分子水平上的分类提供依据。方法1.从福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded, FFPE)组织中提取基因组DNA。通过PCR扩增目的片段后直接测序,明确38例样本的KIT和PDGFRA基因突变类型。2.选取13例GISTs和7例EGISTs的FFPE标本,利用安捷伦人miRNA表达谱芯片进行分析,芯片覆盖866个miRNA。3.应用非监督层次聚类分析明确GISTs和EGISTs的miRNA表型并探讨其影响因素,同时利用t检验、SAM分析等筛选相应的差异表达miRNA。4.利用生物信息学网站预测靶基因。结果1.在38例样本中共检测出KIT基因突变34例,其中32例发生在外显子11,突变形式有点突变、插入突变与缺失突变；2例发生在外显子9,均为重复性突变。同时还检出PDGFRA基因突变1例,其余3例样本为野生型。2.非监督层次聚类分析显示所有样本被分成3个簇(簇A、B和C)主要与14号染色体长臂(14q)缺失和肿瘤原发部位(胃部和小肠)相关；EGISTs与GISTs在miRNA表达类型上的差异并不显著。3.32个定位于14q32的miRNA在部分GISTs中(簇A)高表达,可能起抑癌基因的作用。4.筛选出17个在小肠miRNA表型(簇B)中下调的miRNA,靶基因预测结果显示大部分参与KIT/PDGFRA信号转导以及G1/S转换期调控,可能与肿瘤的发生、演进有关。5.筛选出5个与肿瘤危险度相关的miRNA,其中2个在高危GISTs中下调。结论1. GISTs和EGISTs的miRNA表型相似,主要与14q缺失和肿瘤原发部位有关,可作为证据支持EGISTs实质上来源于GISTs的假设,同时有助于GISTs在分子水平上的分类。2. FFPE组织适用于miRNA表达谱研究。3.KIT和PDGFRA基因突变是GISTs最常见的分子事件。