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本文研究了工厂化人工育苗条件下牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构变化及定植规律,并分析了牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构与饵料和水环境中菌群的关系,以及探讨了肠道菌群形成机制,旨在为牙鲆人工育苗和养殖过程中肠道生理健康标准提供理论依据。主要研究结果如下:1.采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建牙鲆工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同时期16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU,42个菌门,972个菌属。初孵仔鱼G1样品中变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为主要优势菌,相对丰度分别为55.20%、13.37%和21.58%;9日龄G2和21日龄G3肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门(>90%)成为此时期肠道的绝对优势菌群;45日龄后,变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群。属水平上,仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期变形菌门中的弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄时期后其相对丰度锐减到最低水平;在80日龄时期,拟杆菌门中的拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)相对丰度达到较高水平,成为肠道优势菌属;在115日龄时期,厚壁菌门中有8个菌属均发展成为优势菌属。2.通过16S rRNA高通量测序分析,探明了牙鲆工厂化人工育苗饵料系列中各种饵料样品微生物菌群结构特征及其与仔稚幼鱼菌群结构的关系。轮虫饵料F2中变形菌门(78.21%)和拟杆菌门(13.33%)最多,而厚壁菌门(2.28%)和蓝藻菌门(Cyanobacterium)(1.47%)的相对丰度很低;共有14个优势菌属。卤虫饵料F3中的优势菌为变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门,三者OTU相对丰度之和大于98.26%;11个优势菌属中弧菌属(28.34%)和假交替单胞菌属(12.36%)的相对丰度最高;轮虫和卤虫两种活生物饵料的优势菌属差异明显,仅假交替单胞菌属和红杆菌属(Rhodobacter)为共有优势菌属。配合饲料F4中的优势菌属分布较为均匀,共有12个,大多属于厚壁菌门芽孢杆菌纲,其中乳球菌属(Lactococcus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)、栖热菌属(Thermus)三者相对丰度最高,均大于6%。配合饲料F5中的优势菌属为腐败希瓦菌属(Shewanella)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter),与F4相比差别较大;配合饲料F6中蓝藻菌门的丰度达到最高为74%,成为绝对优势菌属。水体样品的菌群结构在门分类水平上变化不大,优势菌群都是变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门,但是各时期样品优势菌属变化明显。1日龄W1样品中菌群多样性丰富,有14个优势菌属;9日龄W2样品中,变形菌门是绝对优势菌群,拟杆菌门中的黄杆菌目(Flavobacteriales)的相对丰度增加到32.4%,厚壁菌门中的乳球杆菌的丰度增加到1.96%,成为优势菌属;21日龄W3样品中拟杆菌门中的优势菌相对丰度降低,而γ-变形菌门的总丰度高达73.45%,其中,弧菌属和假交替单胞菌属的相对丰度最高,分别为20.7%和13.7%;45日龄W4样品中黄杆菌目的相对丰度约为17.34%,但优势菌的种类减少到2个;80日龄水体W5中优势菌属的种类减少,而优势菌的相对丰度增加,其中γ-变形菌中的假交替单胞菌属的相对丰度达到38.94%;115日龄W6中除了乳球菌属的相对丰度增加成为优势菌属,菌群结构变化不大,与W5时期组成相似。3.对6个取样阶段饵料、水与肠道样品菌群的相似关系分析。牙鲆在摄食活饵料轮虫和卤虫阶段,肠道菌群与饵料的相似性较高,分别为17.61%、41.11%;在转换配合饲料后,肠道菌群与配合饲料的菌群相似性逐渐降低,115日龄时,与饵料的相似性仅为3.34%,而且共有优势菌属消失。初孵仔鱼样品与水体菌群的相似性最高为26.77%,共有优势菌属3个;在开口后9日龄至80日龄的4个时期,肠道菌群与水体菌群的相似性均在7%左右;115日龄时肠道菌群与水体菌群的相似性降到1.15%,而且两者没有共同的优势菌属存在。对肠道与饵料样品、肠道与水体样品进行RELATE分析,结果显示肠道菌群与饵料之间的相关性(Spearman correlation Rho 0.588,P<0.05)远高于肠道菌群与水体之间的相关性(Spearman correlation Rho 0.15,P<0.5);说明在牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群的形成过程中,饵料中的微生物对肠道菌群的影响大于水中微生物的影响,其对肠道菌群的影响起主要作用。4.牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构变化规律。牙鲆开口后,肠道菌群发生明显的演替,仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化。摄食活饵料阶段变形菌门主要定植在肠道内,弧菌属相对丰度最高;45日龄时期后变形菌门相对丰度逐渐减低,拟杆菌门和厚壁菌门丰度增加;在80日龄至115日龄时期,拟杆菌门的拟杆菌属、普氏菌属,成为肠道优势菌属,以及厚壁菌门的8个菌属成为优势菌属,此时的这些优势菌属是在稚幼鱼时期逐渐发育形成的。分析了仔稚幼鱼肠道菌群结构与工厂化养殖、池塘养殖、野生鱼肠道菌群结构,发现本试验条件下80-115日龄的牙鲆幼鱼肠道菌群的核心菌群与野生和养殖成鱼的肠道菌群组成在门水平上结构基本相同,而在属水平上由于可能摄食饵料的不同存在一定的差异。研究结果揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律。