核桃(Jugians regia L.)是世界四大干果之一。新疆是我国核桃的主产区之一,栽种历史长达上千年。新疆早期种植核桃大多为实生繁殖后代,因此在新疆核桃生物群体中,有大量的遗传变异品种及单株,如:纸皮核桃、薄壳核桃等。本研究利用新疆独特的历史优势,从形态学水平开展对新疆薄壳核桃实生后代群体中选择综合性状优于亲本的单株。利用分子标记AFLP评价供试核桃遗传多样性水平并确定实生后代单株与父本亲缘关系,主要结果如下:1、对13份亲本及102份实生后代单株进行坚果性状调查测定。对测定结果进行数据处理、相关性分析、主成分分析、因子分析及聚类分析,结果发现9个坚果生物学性状可划分为4个主成分,第一组成分为仁重因子,第二主成分为果径因子,第三主成分为果型因子,第四主成分为出仁率因子。四个主成分的累计贡献率为85.732%。2、根据母本单株的相关生物学性状分析,对102份实生后代单株的平均单果重、最大单果重、坚果三径、果型指数、壳厚、仁重及出仁率进行性状分析,计算115份薄壳核桃亲本及实生后代单株在果实主成分中的因子得分。得分最高的实生后代单株为南7-8,最低为北3-8。以‘新温185’亲本为参照标准,可选出8株优良实生后代,分别为南7-8、北3-17、南7-7、北1-18、中4-20、北6-18、南4-16、北7-7。对新疆薄壳核桃实生后代进行组间聚类,单株能明显被区分开。3、对123份实生后代单株及13份亲本进行AFLP扩增得到条带数有583条可统计的条带中,其中544条条带呈多态性,平均多态性带的百分率高达93.30%。136个样品的等位基因频率范围为1.2731~1.9206,平均0.7328。有效等位基因数最低为1.0273~1.9969,平均为1.4145;基因多样度为0.1301~0.4992,平均为0.3346。Shannon信息指数为0.1804~0.5841,平均为0.2878。4、利用DPS的R因子UPGMA程序进行聚类分析,大部分供试样品的相似系数在0.55~0.98之间。当阂值为0.54时,可将对123份实生后代单株与13份候选父本,共136份材料分为四类。利用相似性系数可确定17株实生单株的可能父本,其中‘新温185’有4株实生后代株,‘新巨丰’和‘新温91’为可能父本各有5株实生后代,‘新温611’、‘新丰’、‘新温81’各1株。其中北3-8的双亲均为‘新温81’,说明此实生后代后代单株的种子为亲本为同一品种的其它树授粉当然也不排除自花授粉的可能性。通过亲本与实生后代的聚类发现北1-2(1)、北1-2(2)北1-18、北1-20的与父本的相似性系数很高,但都依然与母本聚为一类,说明所检测出的实生后代部分偏向母本遗传。