2015年9月,国务院出台《生态文明体制改革总体方案》,明确指出探索建立多元化生态补偿机制,鼓励各地区开展生态补偿试点,健全生态补偿制度。然而,我国的生态补偿建设虽然取得了一定进展,但整体来说这项工作还是起步较晚,加上区域生态补偿的主客体关系更加复杂,为了区域生态环境的可持续发展,迫切需要开展区域生态补偿机制研究。本文在综述国内外生态补偿研究现状的基础上,开展区域生态补偿基本理论的研究,基于生态足迹模型和生态服务价值法构建了区域生态补偿量化模型,研究了重点领域生态补偿机制,分析了区域生态补偿机制的保障建设。安徽大别山区是我国中部地区重要的生态屏障和水源地,是省会城市合肥,乃至华东地区重要的生态屏障,安徽大别山区生态环境的质量会影响到中下游区域的发展,所以安徽大别山区生态补偿机制建设不仅关系到安徽大别山区的可持续发展,也关系到合肥乃至华东地区的可持续发展。因此本文以安徽大别山区为例开展实证研究。分析了安徽大别山区生态环境和经济发展现状,基于因子分析模型测算了社会经济与资源环境的协调发展度；研究了安徽大别山区及其合肥市的生态足迹和生态承载力,分析和评价区域的可持续发展状况,并依据生态足迹和生态系统服务价值进行区域生态补偿标准研究,量化区域生态补偿金额,明确区域生态补偿上限和下限；开展了重点领域-自然保护区生态补偿、森林生态补偿、流域生态补偿、矿产资源开发生态补偿、水电开发生态补偿和旅游资源开发生态补偿主客体、补偿方法和补偿方式等的研究；基于层次分析法开展了生态补偿的绩效评估,探讨了如何加强区域生态补偿机制的保障建设。本文通过理论研究和实证分析,探讨了区域生态补偿的关键问题：谁补偿谁、补偿多少和如何补偿,系统建立了区域生态补偿机制的理论和方法,对类似区域的生态补偿主客体界定、补偿标准确定和补偿方式等的构建具有重要的借鉴意义。