2009年，国务院常务会议通过《关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》，提出把福建建成全国经济的重要增长极、两岸经贸合作与高新技术文化交流的重要地区和促进祖国统一的重要基地。同时近年来闽台技术领域的经贸交流也得到了长足的发展。笔者采用理论研究与实证分析并重、定性分析与定量分析相结合的方法，指出高新技术产业具有整合性和根植性特征，从五缘基础、利益互补机制、文化优势、高新技术产业优势、海峡西岸经济区优势几个方面分析闽台在高新技术领域合作具有现实的可行性。闽台在高新技术产业的产业规模、产业投入、产业集聚、产业投资等几个方面存在显著差异，通过对闽台高新技术产业竞争力的定量对比及闽台产业合作特点定性分析，剖析闽台高新技术产业合作存在的诸多问题。最后本文就促进闽台高新技术产业协同发展提出了对策建议，主要包括促进闽台高新技术创新活动，增强双方高新技术产业竞争力、顺应产业升级趋势，促进两岸高新技术产业对接、建立闽台高新技术产业协作带，形成具有强大辐射力的经济增长极、加强政府职能部门的合作，搭建闽台高新技术产业合作的政治平台等。通过对这一课题的研究，有助于加深对闽台两岸高新技术产业合作的认识，并为拓展两岸高新技术产业的交流与合作提供更广阔的空间。