农产品供应链成员企业都期望通过参与供应链来实现个体利益增值的最优化,利益是各成员企业之间合作的根源,是供应链联盟存在的基础。而各成员企业间都是独立的经济个体且具有同等的利益诉求,因此农产品供应链各成员企业间形成的是合作竞争的伙伴关系,既是相互依存的经济共同体又存在利益冲突。在大力发展农业产业化的背景下,有效协调供应链企业间的利益分配问题是维持稳定运营的关键。在分析国内外农产品供应链利益分配研究现状的前提下,根据农产品供应链管理相关理论、博弈理论及利益分配原理,展开对供应链成员企业利益分配的系统分析。阐述了农产品供应链管理的四种基本模式,明确供应链企业的利益构成、利益分配基本原则以及合理利益分配的重要性,重点分析了农产品供应链利益分配过程中出现的问题以及导致这些问题出现的根本原因。在运用Stackelberg逆向归纳法论证了三级农产品供应链成员企业间的合作是使供应链整体获得利益最大化的必要条件后,采用Shapley值法对三级农产品供应链进行初次利益分配,并确定影响供应链成员企业利益分配的各因素,由于农产品供应链实际运行过程中各影响因素间形成的是网状结构,存在反馈现象,故结合网络层次分析法对影响供应链利益分配的各因素的权重进行定量分析,构建了基于网络层次分析法改进的Shapley值法模型,并从激励机制、惩罚机制等方面加以完善。最后以实证对象为例分析验证了运用基于网络层次分析法改进Shapley值法进行农产品供应链成员企业利益分配的有效性和科学性。在农产品供应链内部,参与供应链联盟的各企业要承担起自身肩负的责任,严格规范参与供应链运行过程中的商业行为,尊重合同契约的法律效力,同时成员企业相互之间要起到监督作用。在农产品供应链外部,政府要完善农产品市场的相关法律法规,构建一个良好的外部经济、社会环境促进供应链企业间合作良性循环,并对供应链内部联结主体进行积极的培育和管理,从而保障农产品供应链利益分配的准确合理性以及供应链整体的稳定运行。