基于二代测序的肿瘤相关基因变异与白血病发病关系的研究

来源 :南华大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:thouden
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目的:本研究采用二代测序等方法从肿瘤相关目的基因测序的角度去挖掘海南地区白血病患者的基因突变谱,将有助于白血病患者的早期诊断和预后的判断,也将有助于发病机制的研究和寻找新的治疗靶点从而指导临床治疗。此研究成果也可以对正常人进行白血病风险基因检测,利于发现潜在的发病因素。方法:本研究招募了2015年8月至2016年12月就诊于海南省人民医院104例海南白血病患者,包括急性髓系白血病30例、急性淋巴细胞白血病19例、急性早幼粒细胞白血病19例、慢性粒细胞白血病28例、慢性淋巴细胞白血病8例。通过文献检索确定目前已知的所有的肿瘤相关基因,采用目标区域测序技术和Illumina Hiseq测序技术等对104份不同种类白血病样本的目的基因所有目标区域进行涵盖性的测序,之后进行数据剖析及Massarray等一代测序技术进行验证,首先应用合格的样本建立位点库,包括全部SNV位点,通过所建立的位点库区获得各样品的测序成果,判定各样品的分型。使用双向测序平衡性卡方检验(Chi-square test)、二项分布评估概率以及贝叶斯估计(Bayesian estimation)对所有样品实行目标SNV位点的基因型读取,得到数据,最后应用哈迪-温伯格平衡定律评估SNV位点的可靠性。结果:本研究中共确定605个与肿瘤发病密切相关基因。对104例白血病患者进行了测序并验证发现:(1)605个基因合计发现2089个位点发生了突变;(2)明确了海南地区白血病人群的基因突变谱,确定了KMT2C、PDE4DIP、FBXW7、FANCD2和USP6等突变频率位于前50位的易感基因并集成为一个检测套餐用于白血病临床的个体化检测;(3)突变频率最高的是KMT2C,与AML临床表型(年龄、初发白细胞计数、CR率等)密切相关,多见于年龄小于50岁的患者并且与较高的初发白细胞计数有关,存在KMT2C突变的患者CR率相对较低,提示可能为预后不良因素;(4)PDE4DIP突变目前尚无关于白血病的报道,但本研究发现其在白血病患者中具有高频突变,在不同类型白血病之间无统计学差异,且不存在于正常人群基因突变中,其对于白血病发生发展的作用及意义有待进一步研究。结论:(1)初步获得海南地区白血病患者基因突变频谱,对突变频率位于前50位的易感基因建立检测套餐可应用于个体化检测及治疗;(2)KMT2C突变与AML部分临床表型密切相关,可能为预后不良因素,PDE4DIP可能与白血病的发生发展有关,有待进一步研究;(3)本研究开创了海南省个体化治疗检测体系的先河,弥补了海南省目前个体化治疗检测的空白;(4)为海南省建立规范化、标准化并适合自己的个体化治疗检测技术体系打好坚实的基础。
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