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蒙古野马非常古老且至今为止被保存下来的唯一一个野马种群。多年来,蒙古野马与蒙古家马在进化过程中的关系一直是引起人们争论的焦点,因此,从分子水平上研究两者之间的进化关系具有非常重要的意义,能够为研究蒙古野马对蒙古家马形成过程中的影响提供有效的参考数据。本文采用PCR技术从蒙古野马基因组中扩增出线粒体Cytb基因和D-loop区序列,经过纯化回收,再进行测序分析。鉴于对蒙古野马和蒙古家马间的遗传差异和进化关系未曾见过详细的报道,因此,从Genbank上下载了蒙古家马的Cytb基因和D-loop区序列分别24条,进一步对蒙古野马和蒙古家马的关系进行分析探讨。基于Cytb基因序列的分析结果发现：(1)通过对蒙古野马和蒙古家马的Cytb基因序列进行比对发现,存在90个突变位点,构成了15个单倍型,蒙古野马与蒙古家马有2个共享单倍型,表明两者之间亲缘关系比较近。(2)通过进行中性检验和构建的不配对分布图发现,两者的中性检验值都处于不显著水平(P>O.01),而且构建的不配对分布图呈现多峰曲线,说明蒙古野马和蒙古家马过去都没有经历过群体扩张,群体大小保持稳定。(3)通过MEGA5软件和Network软件构建了UPGMA系统发育树和Median Joining网络聚类图,发现UPGMA系统发育树中,蒙古野马与乌审马和巴尔虎马聚到了一起,而且网络聚类图中两者的主体单倍型分布到了共同的单倍型群中,说明两者的关系比较近,推测出蒙古野马是部分蒙古家马的野祖。基于D-loop区序列的分析结果发现：(1)共检测到74个突变位点,构成了24个单倍型,蒙古野马和蒙古家马共享了2个单倍型,也说明两者关系较近。(2)通过MEGA5软件构建的ML和MP系统发育树发现,蒙古野马与部分蒙古家马聚到了一起,说明两者的关系比较近,也可以推测出蒙古野马是部分蒙古家马的野祖,这与Cytb基因序列构建的系统发育树的结果一致。(3)计算了蒙古野马和蒙古家马之间的遗传距离,再根据分子钟理论推测出,两者分歧时间大概发生在0.34-0.67百万年前。而且两者间的平均遗传距离为0.0247,根据马科动物的不同种间的遗传距离为O.115-0.133,说明蒙古野马和蒙古家马的距离并没有达到种的区别,两者属于同一个种。