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大豆起源于中国,至今已有5000年的种植历史。而大豆种子携带的微生物会影响种子贮存、种子萌发和健康,严重的会造成病害流行,影响农业生产。因此,对大豆种传病害进行快速检测和鉴定分析意义重大。本试验利用常规种子带菌检测技术对全国20个省份的67份大豆主栽品种的种子携带真菌情况进行鉴定;利用多重RT-PCR技术对全国疑似携带病毒的大豆种子进行大豆种子花叶病毒(SMV)和菜豆荚斑驳病毒(BPMV)检测;利用常规种子带菌检测技术对东北地区3个省份的14份大豆主栽品种种子携带细菌进行鉴定;同时利用高通量测序技术分析了来自东北地区3个省份的14份大豆主栽品种种子携带微生物的多样性,并将其与常规分离鉴定结果进行了联合分析。主要研究结果如下:1.利用常规种子带菌检测技术并结合传统形态学观察和分子生物学鉴定对我国大豆种子携带真菌进行分离鉴定,取得结果如下:67份大豆样品共分离到2605个菌株,检测出27属56种,分离到的属包括镰孢菌属Fusarium、青霉属Penicillium、曲霉属Aspergillus、枝孢属Cladosporium、链格孢属Alternaria等,占总分离菌数的70%以上。在种子不同部位分离到的真菌比例不同、优势属相似,其中种子表面分离的最多,种皮其次,种子内部最少。种子表面分离到1963株真菌,优势属为镰孢菌属、曲霉属和青霉属,其分离频率分别为20.69%、10.40%和10.29%;种皮上分离到460株,优势属为镰孢菌属、链格孢属和曲霉属,其分离频率分别为5.34%、2.00%和1.65%;种子内部分离到182株,优势属为镰孢菌属、青霉属和链格孢属,其分离频率分别为2.46%、0.96%和0.81%。20个省份大豆种子带菌情况不同,山西省供试品种大豆种子表面携带平均真菌量最多,浙江省其次,新疆省最少;安徽省供试品种大豆种皮携带平均真菌量最多,江西省其次,浙江省最少;安徽省供试品种大豆种子内部携带平均真菌量最多,山西省其次,陕西省、甘肃省、新疆省最少;总体来说安徽省供试品种大豆种子携带平均真菌量最多,其次是山西省,新疆省最少。2.病毒和细菌常规检测到的比较少:仅在黑龙江省、安徽省、江苏省、辽宁省的部分样品中检测到了SMV,并未检测到BPMV;东北三省14份大豆种子携带细菌研究发现,可分离到的细菌资源较少,其中分离频率较高的是假单胞菌属Pseudomonas、泛菌属Pantoea和鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas。不同来源大豆种子携带细菌种类和数量差异不大。3.利用高通量测序技术分析我国大豆种植面积最大的东北三省主栽种子携带微生物多样性,结果表明:不同来源种子携带微生物差异较大,鉴定到真菌类群为子囊菌门Ascomycota和担子菌门Basidiomycota,占真菌群落的75%以上;细菌类群为变形菌门Proteobacteria、放线菌门Actinobacteria、蓝藻门Cyanobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes,占细菌群落的95%以上。共检测并鉴定出4门21纲55目110科180属真菌,主要为枝孢属Cladosporium、链格孢属Alternaria、Boeremia等;检测并鉴定出22门37纲86目171科418属细菌,主要为甲基杆菌属Methylobacterium、鞘氨醇单孢菌属Sphingomonas和金色单胞菌属Aureimonas等。其中可观察真菌物种为1000左右,可观察细菌物种为1400左右,整体来说大豆种子携带细菌多样性高于真菌。吉林省大豆种子携带微生物更为丰富、均匀,黑龙江省次之,辽宁省所含真菌和细菌物种多样性最低。4.通过常规检测技术和高通量测序技术比较分析东北地区大豆主栽品种种子携带微生物多样性的结果发现:高通量测序技术能够检测到10倍于常规检测的真菌属和70倍的细菌属,而且高效迅速获得检测结果。利用常规种子带菌检测技术共鉴定出17个属真菌,6个属细菌,其中辽宁省大豆种子带真菌量最多,吉林省的种子带细菌量最多;而高通量测序技术共鉴定出180个属真菌和418个属细菌,其中吉林省大豆种子带菌量最多,黑龙江省其次,辽宁省最少。高通量测序技术不仅可以高效迅速全面的对大豆种子携带微生物的多样性进行分析,而且有利于全面分析种子携带微生物的种类,为种子健康检测和农业安全生产提供技术支持。