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目的：了解我国西南地区(西藏藏族自治区、四川省、重庆市、云南省和贵州省)自然人群感染乙肝病毒(HBV)的基因型别、血清型别；了解HBV S基因α抗原决定簇突变情况、基本核心启动子(BCP) A1762T/G1764A双位点突变情况和G1896A突变情况。方法：2009年在西藏藏族自治区、四川省、重庆市、云南省和贵州省对在2006年中国乙肝血清流行病学调查中HBsAg阳性人群以家庭为单位回访并采集血清。采用微粒子酶联免疫技术(Micro-particle Enzyme Immunoassay, MEIA)对血清标本进行乙肝五项指标检测,选择其中HBV血清学标志物阳性的血清(仅anti-HBs阳性的标本除外),利用QIAGEN公司的QIAamp DNA Blood Mini Kit试剂盒提取HBV DNA,采用巢氏PCR方法扩增S基因片段和C基因片段,并进行序列测定。利用MEGA4软件将样本S和C基因片段核苷酸序列与Gene Bank中的HBV基因型别标准参照序列进行核苷酸同源性比对分析,从而确定基因型别；根据S基因片段与HBV各基因亚型标准序列比对结果确定基因亚型；推导出S基因片段氨基酸序列,确定S基因第122位和第160位氨基酸,从而确定血清型别；明确α抗原决定簇氨基酸位点突变情况。将前C区和C区核苷酸序列与标准参照序列进行比对,确定BCP A1762T/G1764A双位点突变情况和前C区G1896A突变情况。利用SAS9.2对数据进行处理和统计分析。结果：本研究共采集血清标本621份,经检测,539份为HBV感染标本。PCR扩增出HBVS基因片段并成功测序379份,前C/C基因片段232份。我国西南地区HBV基因型别流行率由高到低依次为D/C重组型(38.6%)、B型(32.1%)、C型(23.3%)、C/B重组型(4.2%)、B/C重组型(1.4%)以及D/B重组型(0.005%)；流行的HBV基因亚型为D4(39.0%)、B2(27.0%)、C1(21.0%)、C2(10.0%)以及少数几例B5(9例)、C3(3例)、B4(1例)、B3(1例)、C5(1例)和D1(1例)；流行的HBV血清型别为ayw(39.8%)、adw(30.1%)和adr(30.1%)。HBV a抗原决定簇突变率为10.3%,乙肝疫苗免疫前、后出生人群α抗原决定簇突变率分别为9.2%和14.1%(χ2=1.739,P=0.19)；S基因片段为B型、C型和D型的HBV a抗原决定簇突变率分别为15.2%、2.5%和13.0%(χ2=12.070,P=0.002)。BCP A1762T/G1764A双突变率为34.1%；S和C基因片段分型为B型、C型和D/C重组型的HBV BCP A1762T/G1764A双突变率分别为21.7%、40.0%和44.6%(Fisher Exact P=0.01);乙肝疫苗免疫前、后出生人群HBV BCP A1762T/G1764A双突变率分别为39.9%和18.8%(χ2=9.215,P=0.002)；B型、C型和D/C重组型的HBV BCP A1762T/G1764A双突变率在0-60岁年龄组间呈逐渐上升趋势,在>60岁年龄组又突然下降；BCPA1762T/G1764A双突变组与未突变组HBeAg阳性率分别为31.6%和58.2%(χ2=14.770,P<0.01); BCPA1762T/G1764A双突变组与未突变组HBeAg定量值中位数分别为111.8和260.0(Wilcoxon秩和检验：P<0.01)；BCPA1762T/G1764A双突变组与未突变组HBV DNA载量值中位数分别为1.02×107IU/ml和4.50×107IU/ml (Wilcoxon秩和检验：P<0.01)。G1896A突变率为39.7%；S基因片段和C基因片段分型为B型、C型和D/C重组型HBV G1896A突变率分别为58.0%、32.0%和22.9%(Fisher Exact P<0.01);乙肝疫苗免疫前、后出生人群HBV G1896A突变率分别为50.6%和10.9%(χ2=30.459,P<0.01)；B型、C型和D/C重组型的HBV G1896A突变率随年龄增长基本呈上升趋势；G1896A突变组和未突变组的HBeAg阳性率分别为4.3%和78.6%(x2=122.380, P<0.01); G1896A突变组和未突变组的HBV DNA载量中位数分别为1.]7×107IU/ml和5.58×105IU/ml (Wilcoxon秩和检验：P=0.02)。结论：(1)除西藏藏族自治区等地区所特有的D/C重组型HBV外,B型、C型为西南地区的优势HBV基因型别；我国西南地区的HBV优势基因亚型为D4、B2、C1和C2；我国西南地区的HBV血清型别为ayw、adw和adr,其中在西藏藏族自治区等地区主要为ayw血清型别的流行。(2)我国西南地区HBV α抗原决定簇突变率较高,S基因片段分型为B型和D型的HBV a抗原决定簇突变率最高,C型最低；我国西南地区BCP A1762T/G1764A双突变率较高,S和C基因片段分型为C型和D/C重组型]3BV BCP A1762T/G1764A双突变率最高,B型最低；BCP A1762T/G1764A双突变可能导致HBeAg不表达或HBeAg分泌量降低、DNA载量降低；我国西南地区G1896A突变率处于较高水平,S和C基因片段分型为B型的HBV G1896A突变率最高,C型和D/C重组型最低；G1896A突变可能导致形成HBeAg阴性、但DNA载量很高的HBV变异株。HBV感染者年龄越大,可能越容易发生BCPA1762T/G1764A双突变和G1896A突变。