2010年10月至2011年9月对湛江湾浮游生物群落结构进行了周年调查，并对其碳稳定同位素进行了分析，结果显示：　　湛江湾海域浮游植物共有8门92属231种，其中硅藻门49属143种，占总种类数的63.00％；甲藻门17属45种，占总种类数的19.82％；蓝藻门11属18种，占总种类数的7.93％；绿藻门8属15种，占总种类数的6.61％；裸藻门和金藻门各3种、黄藻门和隐藻门各2种。优势种共21种，其中硅藻18种，甲藻2种，蓝藻1种，以微型浮游植物为主，群落结构趋于小型化，具有亚热带和沿岸性特征。　　浮游植物细胞丰度在1.05-6034.00×104 cells/L之间，平均为215.73×104cells/L，显示了湛江湾富营养化特征，周年变化曲线表现为明显的月份双峰型(季节单峰型)，主要受到水温和光照的影响。浮游植物细胞丰度平面分布基本呈湾中部最小并向湾内和湾口方向增大，且港湾西侧(靠近霞山区)高于东侧(靠近南三岛)的分布格局，主要受到光照、盐度和高丰度养殖贝类滤食压力的影响。　　湛江湾海域共发现浮游动物87种和29类浮游幼体，其中浮游幼虫占总种类数的25.00％，原生动物23种，占总种类数的19.83％，桡足类30种，占总种类数的25.86％，此外还有腔肠动物9种，十足类、毛颚动物各5种，糠虾类4种，涟虫类、端足类各2种，线虫动物、轮虫动物、枝角类、介形类、等足类、磷虾类及被囊动物均仅1种。刺尾纺锤水蚤 Acartia spinicauda、亨生莹虾Lucifer hanseni、百陶箭虫Sagitta bedoti和桡足类无节幼虫Copepod nauplius larva为常见种，全年皆出现。优势种共有22种(含浮游幼体)，主要是浮游幼体和原生动物，桡足类只有3种，没有全年优势种，大部分为小型浮游动物，群落结构趋于小型化，且属于亚热带沿岸群落。　　湛江湾浮游动物丰度变化范围为58.88-2647.06 ind/m3，平均为608.55 ind/m3，湿重生物量变化范围为10.69-572.7 mg/m3，平均为146.14 mg/m3。浮游动物湿重生物量年均值以2月最高，主要受水温、浮游植物、大中型浮游动物的摄食压力影响；平面分布呈湾中部最小并向内湾和湾口方向增大，港湾西侧均高于东侧的分布格局，与浮游动物丰度的时空变化趋势不大一致，而与浮游植物细胞丰度、Ch1-a浓度的空间分布趋势大体相同，显示了植食性浮游动物对浮游植物的摄食依存关系，主要受浮游植物、高丰度养殖贝类滤食压力、网箱养殖的影响。　　湛江湾浮游生物的δ13℃值跨度较大，范围为-23.89‰(浮游植物)-13.46％。(星点东方鲀Fugu niphobles)，相差10.46‰。浮游植物的δ13℃值总体呈现春夏季高于秋冬季，与水温变化趋势一致，其平面分布基本呈现湾内低于湾口，西侧低于东侧的变化趋势。亨生莹虾、日本毛虾 Acetes japonicus及其它浮游动物的δ13℃值均与当月浮游植物δ13C值的平面分布相似，由此可推断湛江湾浮游动物的碳源或最终碳源很可能主要来自于浮游植物。　　以浮游植物是湛江湾浮游生态系统的主要碳源，及1.5‰为此食物网一个营养级的13C富集度为依据，最终确定该浮游生态系统共存在4个营养层次。由碳同位素推断的生物营养层次位置与食性分析的结果基本上相吻合，说明浮游植物是湛江湾浮游生态系统的主要碳源。