内部控制是企业管理活动的重中之重，它是对企业经营业绩、风险防范和财务报告质量的合理保证，同时内部控制体系的完善性往往会影响注册会计师审计报告的形成。如果注册会计师正确地观察到上市公司高质量的内部控制体系，则意味着上市公司可能具有较高的盈余管理质量，注册会计面临的审计风险就会降低，这自然会影响注册会计师出具审计报告的最终决策。本文将2008年-2011年深交所A股上市公司的数据作为研究对象，采用内部控制完善性作为衡量内部控制质量的变量，修正的截面琼斯模型计算的应计可操控性应计利润来作为衡量盈余管理的变量，审计意见类型作为衡量审计质量变量，通过建立内部控制、盈余管理与审计质量关系的模型并进行logistc回归等统计方法进行实证研究，研究发现：上市公司内部控制完善性程度越高（越低），注册会计师发现盈余管理的可能性越低（越高），这说明内部控制与独立的外部审计可能存在一定的替代效应；上市公司进行的盈余管理程度越高，审计师审计失败的概率也会越高，因此，上市公司承担的审计费用就会越高。虽然在实证过程中未发现盈余管理与审计意见呈显著的相关关系，但是经过进一步的研究发现，随着审计费用的提高（降低），内部控制与独立的外部审计之间的替代效应会有所弱化（强化）。