新生代农民工作为国家劳动力供给的重要组成部分,在国家经济发展以及建设中起着不可取代的地位。但大量证据表明,尽管新生代农民工身份得到了最高权威的承认,但在平等就业、选择职业、取得合理劳动报酬等一系列权利方面仍然遭受着不公正的对待。而与传统农民工相比,新生代农民工在外出就业动机、对劳动权益的诉求、对职业角色的认同、对职业发展的期望等方面都发生了些明显的变化。客观存在的障碍和自身就业观念的转变导致新生代农民工在各个企业中频繁流动,其就业的不稳定性给许多企业带来了困扰。新生代农民工作为特殊群体,在企业中如何定位,企业如何制定制度使其更好的融入企业,是我们面临的重大问题。近年来,越来越多的学者开始关注新生代农民工流动的问题,着重于探讨影响新生代农民工流动的影响因素,并取得了一系列的成果,但大多研究集中于从宏观角度研究新生代农民工在城乡之间的流动,从微观层面研究新生代农民工流动的文献较少,尤其从企业制度的角度来研究劳动力流动的文献更是少之又少。因此,本文以新生代农民工为研究对象,在分析了同工不同酬与新生代农民工流动现状的基础上,具体研究了同工不同酬对新生代农民工流动的具体的影响机理,通过问卷调查,对此进行了验证,得出如下结论。第一,主要研究企业内以及企业间的同工不同酬现象,无论是哪一种同工不同酬现象均表现为新生代农民工与其他员工在劳动报酬上的差异,包括五种差异：工资奖金差异、福利待遇差异、工作发展差异、工作关系差异以及工作环境差异。第二,企业内同工不同酬会使新生代农民工产生流动意向,但不一定选择流动,进一步分析企业间的同工不同酬对其流动意向的影响,表明当自己企业的同工不同酬的程度大于其他企业时,新生代农民工的流动意向会加强,在考虑了就业环境以及流动成本的基础上作出流动决策。第三,采用SPSS17.0软件,通过二项Logistic回归模型验证了同工不同酬对新生代农民工流动的影响,最终根据本文的研究,从同工不同酬的角度提出了稳定新生代农民工就业的相关对策建议。