孤独症谱系障碍儿童血清miRNA的差异表达分析

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目的:孤独症谱系障碍(Autism spectrum disorder,ASD)是一种常见的神经发育障碍性疾病,核心症状为社会交往障碍、沟通障碍、行为刻板以及兴趣狭窄。目前,ASD缺乏精准可靠的早期筛查工具,影响开展疾病早期诊断和干预工作,影响患儿预后。表观遗传机制可通过影响神经发育基因网络的表达进而导致ASD表型。mi RNA在细胞外环境中可稳定存在,在不同生理状态下表达水平不同,其表达水平变化是表观遗传学的重要机制之一,被视为多种疾病早期筛查的生物学指标。本研究旨在筛选ASD儿童存在差异表达的miRNA,并评估其作为疾病早期筛查工具的价值。方法:2018年8月在青岛大学附属青岛妇女儿童医院招募5例ASD儿童,并在同期选择5名年龄以及性别均与病例组匹配的正常儿童作为对照。定时采集所有受试者上臂静脉血液,4小时内分离血清冻存备用。通过Trizol法提取两组各样本中总RNA,并进行质量评估。将质控合格样本送至检测公司,进行后续样本处理并完成高通量测序。过滤上级测序所得原始序列,对目标序列进行分类注释,并筛选两组间表达水平存在差异的miRNA。使用mi WALK3.0网站在多个数据库中预测差异表达miRNA可能调控的靶基因。利用DAVID网站对潜在靶基因进行GO富集分析,再通过KOBAS3.0网站对潜在靶基因进行KEGG通路分析。结果:1.两组中,10例样本提取的总RNA质量合格,满足后续实验要求,可进行下一步测序。2.对高通量测序所得的原始序列进行数据过滤处理,所得目标序列RNA长度集中于21~23nt。3.对目标序列进行小RNA的分类注释,各样本小RNA均以miRNA为主。4.对各样本miRNA进行表达定量分析,与对照组相比,病例组中有26个miRNA存在表达差异(P<0.001;FC值>2)。其中,21个miRNA表达上调(miR-106b-3p、miR-584-5p、miR-139-3p、miR-185-3p、miR-625-3p、miR-769-5p、miR-379-5p、miR-23a-3p、miR-425-5p、miR-199a-5p、miR-146b-5p、miR-370-3p、miR-223-3p、miR-382-5p、miR-361-3p、miR-9-3p、miR-589-5p、miR-4665-5p、miR-941、mi R-30c-5p、miR-7-5p),5个miRNA表达下调(miR-195-5p、miR-29c-3p、miR-15a-5p、miR-4732-5p、miR-34c-5p)。5.在miTarBase数据库、miRDB数据库及TargetScan数据库中预测上述26个miRNA可能调控的靶基因,取三数据库交集作为最终结果,预测miRNA可能调控的靶基因有154个。6.对上述154个靶基因进行功能分析,其功能富集于117个GO条目和189个KEGG通路中。结论:ASD儿童血清中可检测出稳定存在的miRNA。与正常儿童相比,ASD儿童血清内存在26个差异表达的miRNA。上述miRNA所调控的靶基因功能富集于多种生物学过程,涉及的信号传导通路与ASD密切相关。两组间差异表达的26个miRNA可以作为ASD早期筛查的潜在生物学标志。
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