科研技术是推动世界发展,引领世界文明进步的关键力量,也从根本上决定了一个国家的核心竞争力。农业科研技术的进步是解决民生、推动经济发展、维护国家稳定的重要支撑。习近平总书记在党的十九大报告中提出全面实施“乡村振兴战略”,要求做到坚持农业农村优先发展,坚持农民主体地位,坚持乡村全面振兴。同时必须始终把解决好“三农”问题作为全党工作重中之重,从思想上认识到解决农业发展、农村稳定、农民增收是关系国计民生、国家富强、民族复兴的重大问题。我国高等农业院校作为国家农业学科研究的主要力量,背负着引领我国农业科研技术进步的重要责任和使命。随着我国农业发展力度的加大,高等农业院校科研经费的投入也日益增加。为了保证科研经费可以得到合理、合法、高效的使用以及提高科研经费的管理水平,高等农业院校对其科研经费开展内部审计。科研经费内部审计的质量是科研审计工作的生命线,高质量的科研经费审计工作是保证审计职能切实发挥的根本。本文运用文献综述法、理论分析法和实例法,首先分析了我国高等农业院校科研经费的内涵及特点、科研经费内部审计的重点和难点,并整理了高等农业院校科研经费内部审计的法律规章制度依据,同时提出高等农业院校应着眼于科研经费使用绩效而不断优化其内部审计体系的概念。然后本文以具有一定代表性的四所高等农业院校:中国农业大学、南京农业大学、华中农业大学和西北农林科技大学为例,分析当下四所高等农业院校科研经费内部审计的做法,并找出存在于高等农业院校科研经费内部审计中的问题,主要包括六点:内部审计力量不足、有关部门及科研人员配合内部审计工作的积极性不高、部分科研经费使用较难判断真实性及合理性、过度追求科研经费使用的合规性而忽略了真正效益、科研经费预算编制审计薄弱和内部审计结果未有效利用。根据发现的问题,本文进一步深层把脉症结,剖析了制约高等农业院校科研经费内部审计发展的主要障碍和根本原因。研究发现制约我国高等农业院校科研经费发展的主要障碍有以下几点:校领导及各级人员对内部审计的重视程度不够、内部审计及内部控制制度建设不够完善、内部审计目标定位不明确、内部审计信息化建设落后、内部审计工作方法老旧和内部审计人员综合素质不强。而究其根本原因在于我国现行行政审计体制存在固有缺陷影响审计独立性、行政审计法律制度不完善、经济发展尚不满足全面优化内部审计的条件和社会对加快内部审计改革的需求不明显。针对发现的问题及考虑到未来我国高等农业院校科研经费的发展趋势,本文也提出了完善我国高等农业院校科研经费内部审计的对策,具体建议包括以下四点:不断优化高等农业院校科研经费内部审计的目标定位、加强完善以绩效为导向的高等农业院校科研经费内部审计体系、建立完善的内控制度降低高等农业院校科研经费内部审计风险、协同有关部门共同推进高等农业院校科研经费内部审计工作。当然本文还存在着不少不足,对高等农业院校科研经费内部审计中存在的问题分析的不够透彻,在建立科研经费绩效审计评价指标体系中对于评价标准和评价指标的选取考虑的影响因素不够全面等。最后希望本文中提出的一些建议可以对防止高等农业院校科研经费的滥用,预防科研犯罪,保证国家财产物资的安全,提高科研经费使用的效益有所帮助。