【摘 要】
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研究背景:肺腺癌(Lungadenocarcinoma,LUAD)是肺癌最常见的病理亚型,属于非小细胞肺癌的一种类型,其多数起源于支气管黏膜上皮,多数病灶在肺外周。肺腺癌初期症状一般不明显,发现时多数已分期较晚,因此肺腺癌患者的5年生存率较低,并且由于其高度异质性,肺腺癌患者的预后很难预测。铁死亡,一种依赖铁的细胞死亡形式,主要特点为脂质过氧化物的致命积累从而诱导铁质细胞死亡,在各种癌症中起作用。
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研究背景:肺腺癌(Lungadenocarcinoma,LUAD)是肺癌最常见的病理亚型,属于非小细胞肺癌的一种类型,其多数起源于支气管黏膜上皮,多数病灶在肺外周。肺腺癌初期症状一般不明显,发现时多数已分期较晚,因此肺腺癌患者的5年生存率较低,并且由于其高度异质性,肺腺癌患者的预后很难预测。铁死亡,一种依赖铁的细胞死亡形式,主要特点为脂质过氧化物的致命积累从而诱导铁质细胞死亡,在各种癌症中起作用。然而,铁死亡相关基因与肺腺癌预后之间的相关性仍不清楚。研究方法:从癌症基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)数据库中检索铁死亡相关基因的表达谱(RNAsequencing,RNA-seq)和相关临床信息,使用limma识别肺腺癌组织样本和正常肺腺组织样本之间差异表达的铁死亡相关基因。我们使用铁死亡相关差异表达基因(DEGs)进行计算差异算法和Cox回归分析。Kaplan-Meier生存分析在高风险组和低风险组之间进行。预测性能通过ROC评估。通过多变量cox回归分析和分层分析验证了预测独立性。我们通过GO和KEGG探索了铁死亡相关DEGs的潜在分子机制和性质,并通过多变量Cox分析基于铁死亡相关DEGs进行了新的预后指数。通过CIBERSORT分析信号和免疫细胞浸润之间的关联。最后,通过免疫组织化学方法在LUAD组织中验证了铁死亡相关基因。实验结果:我们筛选了四个与铁死亡相关的DEGs(ACSL3,FANCD2,GLS2,PHKG2)通过多变量Cox回归分析建立预测模型。受试者操作特征(ROC)和Kaplan-Meier(K-M)分析证明了四个基因签名的良好性能。TCGA队列中4个基因的AUC在1年时为0.676,3年时为0.660,5年时为0.588。GSEA分析显示,与铁死亡相关的DEGs与免疫状态高度相关,我们进行了 ssGSEA以研究与铁死亡相关的DEGs与16种免疫细胞和13种免疫相关途径的富集分数的关系。实验结论:本研究通过生物信息学和实验的方法对肺腺癌中的铁死亡相关基因进行筛选和验证,筛选出的4个铁死亡相关基因(ACSL3,FANCD2,GLS2,PHKG2),可以作为肺腺癌的诊断标志物,用4个基因构建的模型对肺腺癌患者的预后具有一定的预测价值。
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