1368年,元顺帝北遁,朱元璋继元而立“大明”,开启了明王朝两百多年的封建统治。洪武二年,明军即出师西征,逐步攻克了故元残余势力所据守的西北大部分地区,并将其纳入明王朝的统治之下。洪武三年五月,邓愈攻克河州,故元陕西行省吐蕃宣慰使锁南普等及镇西武靖王卜纳剌以吐蕃诸部来降,标志着甘南藏区纳入明王朝版图的开始。随着岷、洮地区“番酋日至”,明王朝正式将甘南藏区收于治下。甘南藏区地处明王朝西北边地,可谓是连接中原、西北地区、藏区的三角地带,也是明王朝“备虏”、“防番”的前沿阵地,战略地位十分重要。为实现对甘南藏区的有效治理,自河州归附不久,明王朝即开始在河州地区设卫,以加强对其地的管控。随着明军西征任务的完成和明王朝在甘南藏区统治的确立、稳定,明王朝随即效仿明王朝在中原和其他民族地区实行的制度开始在甘南藏区进行适应性的制度建设,主要有土司制度、卫所制度、僧纲制度、金牌信符制度。以上制度虽不是甘南藏区独行的特殊制度,但明王朝无不结合甘南藏区客观、具体的民情、社情对各项制度进行了整改、变通,使其适应了甘南藏区的特殊情况,并有别于其他地区而具有了一定的地区特色。通过上述的制度建设,明王朝逐渐将甘南藏区纳入到自己有效的管辖范围内,在一定程度上巩固了明王朝的西北边防,促进了甘南藏区的社会发展,同时也为明王朝与包括青海、西藏在内的广大藏区联系的加强打下了坚实的基础。