新型农村合作医疗费用控制是合作医疗制度在施行过程中的一个必要环节。本文充分采用对比分析、历史分析、规范和实证分析相结合的方法；运用社会学、经济学、统计学和医疗保险理论；从陕西省目前合作医疗基金的使用情况着手，分别分析了医疗服务的需求方、医疗服务的供给方和合作医疗的管理方在费用控制问题上所扮演的角色以及承担的责任和义务。旨在通过对新型农村合作医疗的三方主体(即：参合农民、定点医疗机构以及新型农村合作医疗的经办机构)的行为约束，达到降低医疗费用的目的。 医疗费用包括合理的医疗费用和不合理的医疗费用。本文研究的费用控制问题主要针对不合理的医疗费用以及医疗费用的不合理增长，合作医疗基余主要通过定点医疗机构对参合农民进行补偿，而定点医疗机构缺乏费用控制的激励机制，因此医生容易诱导参合农民过度消费医疗服务，而参合农民在参加合作医疗后，由于医疗费用可以报销，也存在一定的道德风险，结果促使医疗费用的上涨。而合作医疗的经办机构在管理上也存在漏洞，提高了合作医疗的管理成本。因此本文提出应加强对参合农民的宣传和教育，防止参合农民在利用医疗服务时发生的不合理行为，加大对医疗机构的费用控制力度，提高医生素质，降低供方诱导需求，并健全费用控制的监督约束机制、强化费用审核、控制药品价格。在合作医疗的经办机构内实现全面的无纸化操作，提高效率，减少管理成本。最后提出健全相关的法律法规建设，全面促进新型农村合作医疗基金的合理有效使用。切实解决农民看病难、看病贵的问题。