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随着抗生素在医疗业和养殖业中的广泛使用，细菌耐药性问题日渐引起人们的关注。本研究结合细菌培养技术以及分子生物学方法从细菌的耐药表型，生物学分类及质粒上遗传信息等多尺度对深圳光明新区进行抗生素耐药性研究。从光明污水厂的进水段、污泥段及木墩河下游采集水样，分离得到561株分离菌，最终筛选得到270株代表菌株。对270株分离菌用临床首选的七种抗生素：氯霉素、四环素、庆大霉素、磺胺、环丙沙星、头孢噻吩和氨苄西林进行药敏实验。从细菌耐药比例和经过污水处理设施后的变化趋势分析，将主要的抗生素品种分为三大类，为抗生素抗性污染的分类监控和分级管理提供依据。研究显示，污水处理设施对微生物耐药性的控制作用体现在两方面：（1）经处理，多重耐药性微生物的比例较生活污水进水有所下降；（2）除碳青霉烯类抗生素之外的多数抗生素品种，细菌耐药性均有所削减，如氯霉素从22%降到7%，环丙沙星从10%降到4%，磺胺从48%降到34%，四环素从46%降到36%。因此，人工处理设施成为城镇化地区控制耐药性污染的重要屏障。通过限制性片段长度多态性（RFLP）技术对270株分离菌分型，确定分离菌的主要组成为克雷伯氏菌和气单胞菌。本研究发现克雷伯氏菌和气单胞菌经过污水处理设施后，对庆大霉素的耐药性比例均不降反升，其中隐含的耐药传播机制值得进一步研究。对进水段、污泥段单重耐药性以上，河下所有耐药性细菌的质粒提取和后续分析表明：细菌的耐药性与质粒的携带状况呈现相关性，五重及以上的耐药性菌株携带质粒的比例接近100%。对高拷贝菌株J5进行酶切分型、克隆及后续测序分析，完成了五重耐药性克雷伯氏菌HITJ-05所携7700bp ColE1型质粒pHITJ-5的全序列测定与功能及进化分析，并报道了克雷伯氏菌质粒编码的潜在毒力因子—酰基转移酶。对其他的五重及七重三株耐药性菌株的质粒初步测序，鉴定出了基于泵出机制的氯霉素抗性基因cmlA，揭示出一种氯霉素抗性的潜在传播机制。