新型农村合作医疗制度,即俗称的新农合为我国特有的医疗互助保险制度,其主导者为政府,参加权利及自由归个人。在我国广泛推行新农合制度下,其相关基金量日益增大,随之提高了基金风险,由此使得愈加难以管理此项基金,基于此本背景,本次研究以上林县为例,系统分析当前新农合基金管理状况以及其中的风险因素,以此来给与具有针对性的风险防范措施。论文通过文献分析法、实地考察法、现场观察法、财务统计报表分析法、综合分析法对上林县新农合基金筹集、存储和支付三个方面的基金管理风险问题进行研究分析,运用风险管理理论构建了相应的控制体系,提出健全新农合管理制度,加强内部控制;建立规范化的新农合基金筹资机制;加强新农合基金支付方式改革,向按床日付费、按人头付费、按病种付费、总额预付的医疗费用预付制的综合付费方式改革;加强信息化建设,建立风险防范预警机制;建立一套系统的监督体系,坚持“阳光操作”,实行民主监督等对策。本文研究为防止和减少新农合基金使用中不合理问题的发生提供决策参考和依据。