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玉米(Zea mays L.)是世界上重要的粮食作物。随着全球气候的变化,频发的干旱成为限制玉米生产及产量提高的主要因素之一。因此了解玉米响应干旱的分子调控网络对改良玉米的耐旱性具有非常重要的意义。本研究对两个具有不同耐旱性的玉米品种在田间进行干旱胁迫和正常水分处理,利用RNA-Seq技术在转录组水平对两个材料叶片的干旱分子调控网络进行研究,以发掘玉米耐旱的重要调控因子和耐旱候选基因。通过对同一材料的水旱区样品进行比较,发现在耐旱材料和不耐旱材料中分别有555和2558个特异响应干旱胁迫的差异基因,并且在耐旱材料中大多数胁迫响应基因上调表达。对耐旱材料的特异响应基因进行GO富集分析,发现其功能主要为“response to stimulus”,“response to stress”和“transcription regulator activity”等。通过对同一胁迫条件下的两个材料进行比较,发现有4700、4748、4403和4288个基因,分别在中度干旱、重度干旱、中度干旱水区对照和重度干旱水区对照环境下表现为遗传性差异表达。对这些基因的GO功能富集分析发现,具有“response to stimulus”,“response to stress”,“response to abiotic stimulus”和“response to endogenous stimulus”功能的基因显著富集。这些结果说明胁迫相关基因的特异性响应或遗传性差异表达可能是材料间耐旱性存在差异的主要原因。此外,转录因子在耐旱材料特异胁迫响应基因和两个材料间遗传性差异表达基因中显著富集,包括耐旱材料特异响应的20个转录因子基因和两个材料间遗传性差异表达的22个转录因子基因。这些转录因子基因在今后玉米耐旱育种中可能有重要的利用价值。本研究解析了玉米耐旱的分子调控网络,为后续基因功能研究和玉米耐旱性改良提供了基因资源和理论基础。