中医根植于中国古代传统文化，是运用中国古代的阴阳五行学说，以整体观念为主导思想，以脏腑经络的生理、病理为基础，以辨证论治为诊疗特色的医学理论体系。西医以古希腊文化为渊源，主要是指在近代建立发展起来的，以近代以来的物理、化学、生物学、数学等学科知识为依托，运用实验、逻辑、数学等方法，以解剖学、生理学、病理学、药理学、病原生物学等为基础的医学理论体系。中西医从两条不同的道路分别对人体、健康和疾病做出说明，形成了各具特色的理论体系，其差别主要体现在方法论上。 本文首先阐述了中西医所分别采用的基本方法，并在此基础之上从一般科学方法论角度，对中西医构建理论体系的逻辑过程的三个环节——获取科学事实、整理科学事实、形成理论分别进行了比较：在获取事实方面，西医在近代以后越来越偏重实验，运用观察则偏重借助于仪器的间接观察；而中医基本上没有近代科学意义上的实验，观察则全部依赖于直接观察，同时中医还运用了一些非理性方法来获取事实；在整理事实方面，西医侧重逻辑思维方法，而中医者侧重非逻辑思维；在形成理论方面，西医采取公理化方法，而中医则采取思维模型方法。因此从一般科学方法论上看，西医总的特征是公理化的逻辑推演加实验系统，中医总的特征是取象比类的思维模型加经验系统。其次，分析了中西医各自的本体论预设，指出中医的本题论预设是元气论，西医的本体论预设是原子论，它们之间的差别造成了西医注重分析还原，中医注重整体过程；西医擅长以结构来说明功能，中医则惯于从关系中把握功能，这是中西医方法论差别的本体论根源。最后，本文指出取象比类的思维模型方法是中医方法论的合理内核，也是整个中医理论的合理内核，是中医理论具有科学性的方法论原因。但这一合理内核也存在着缺陷，因此必须正确认识中医的科学性，既要充分地认识到中医所具的科学性，同时也要充分认识到中医的科学性是不完备的。基于这一认识，中医的现代化才能选取正确的方向：它既不能故步自封，抱着老祖宗的东西不放，也不能全盘西化，用西医来研究解释中医——这两条道路都会葬送中医；正确的道路是继承和发扬中医理论的合理内核，以此为核心，从中医的缺陷着手，广泛借鉴吸收现代科技包括西医的最新成果，构建起新时代背景之下的中医理论体系，使这一祖国瑰宝焕发新颜。