在系统总结生态安全及湖泊生态安全研究进展基础上,结合抚仙湖、滇池案例,对湖泊生态安全的定义、指标体系及评价方法进行深入研究。系统梳理了生态安全及湖泊生态安全定义,对湖泊生态安全提出了新颖的见解,并据此总结了湖泊生态安全的表现形式；在分析PSR概念模型及其相关变型的基础上,构建了湖泊生态安全评价指标体系,并进而丰富了湖泊生态威胁理论；基于对典型评价方法的探讨,独创了指标分类评价法,并针对抚仙湖生态安全评价,采用指标分析法、潜在生态危害指数法、BP神经网络法和GA-BP神经网络法进行分指标评价。在湖泊生态安全恢复方面,选取滇池作为例子,采用聚类分析法对入滇10条典型河流进行研究分析。研究得出：湖泊生态安全为湖泊在各种生态威胁冲击下仍保持可持续发展的状态,其表现形式为湖泊各项指标在可持续发展范围内的动态波动；基于湖泊生态威胁理论与模型,从湖泊富营养化、湖泊萎缩及水污染3方面构建了共35个指标的湖泊生态安全指标体系,并把35个指标归为宏观类、重金属类及综合类；以此对抚仙湖进行生态安全评价,得出抚仙湖整体处于生态安全,但局部存在生态威胁,需要加强对抚仙湖旅游业、面源污染、重金属Hg三个指标的关注。本文同时对入滇10条主要河流进行聚类分析,发现靠近市中心的海河、宝象河及马料河污染十分严重,对滇池生态安全威胁巨大,并以此得出昆明市废水乱排现象严重,需要对入滇河流进行监测和管制,以减轻甚至消除入滇河流的污染,为及早恢复滇池生态安全做保障。