农业转基因技术由于具有高产、抗逆、抗病虫、提高营养品质等特点而备受推崇。但是由于农业转基因是将人工修饰和分离过的目的基因导入到生物体基因中,使人工基因直接参与到生态循环中。生态系统的复杂性决定了人类还有相当长的时间去全面的认识生态系统内部的各种联系,及其与环境之间的关系。而人类只是从自身的角度去考虑自然的工具价值,将加工过的基因投入到自然中,实现人类想要的结果,由此带来许多未曾估计到的问题,暴露出人类对于新技术的价值思考缺乏全面性。这种认识上的缺陷将会带来不良的后果,影响中国农业的健康发展,损害脆弱的生态环境。目前,中国社会对发展转基因技术产生了巨大争议,本文的研究对技术哲学、生态哲学和应用伦理学的研究,以及回应中国的现实问题都具有一定意义。本文运用生态整体主义的价值理论,在中国农业转基因技术的研发和转基因作物的产业化现状分析的基础上,运用详实的案例,考查了转基因技术对生态系统多样性和动态平衡的影响,评估农业转基因技术的生态价值,从而明确了中国发展农业转基因技术必然持慎重态度,统筹转基因技术的功利价值和生态价值。本文针对我国发展转基因技术给出了合理化的建议,即完善农业转基因技术的应用政策；提高公众科学技术素养,鼓励公众参与；提倡发展生态农业,走可持续发展的道路。