我国从开始建立住房公积金制度至今已经有二十余年，各方对住房公积金制度的争议一直不断，其中住房公积金制度的公平与效率问题是争议的焦点问题之一。住房公积金制度是我国多层次住房保障体系的重要支撑，实现住房公积金制度的公平与有效，才能保证制度的可持续发展，方能凸显其制度存在的价值。本论文以山东省为例来分析我国现行的住房公积金制度的公平与效率情况，结合理论与实证分析制度在运行中存在的问题，提出有助于实现住房公积金制度各级目标的政策建议。具体的研究主要从以下几个方面进行:　　一是对住房公积金制度的理论基础进行分析。该制度以公平理论、互助理论与委托代理理论为理论基础，互助理论是住房公积金制度产生的理论源泉，通过公平理论总结出只有实现准入公平、过程公平与结果公平才是住房公积金制度公平的体现，委托代理理论是制度经济学中契约理论的重要内容，住房公积金制度在运行与管理过程中牵扯了多重的委托代理关系;二是分析中国现行住房公积金制度运行现状，再结合之前的理论分析，总结出我国建立和完善住房公积金制度的三级目标;三是从准入、过程、结果三个公平维度对住房公积金制度进行实证分析，通过构建国民覆盖度、政策效用覆盖度、非缴存者受益率等指标分析住房公积金制度已经实现的公平程度;四是对住房公积金制度的运行与管理效率进行考察，首先对效率进行了规模效应分析，其次通过个贷率与沉淀资金比率等指标考察制度运行效率，最后对制度的管理效率进行分析，运用以上三个维度对山东省各市住房公积金制度的效率进行评价，通过对公积金制度的公平与效率进行实证分析，得到的结论是中国现行的住房公积金制度存在严重的不公平与低效率;五是对造成公积金制度不公平与低效率的原因进行分析。结合前面的理论基础分析、现状及目标分析，总结出住房公积金制度在顶层设计问题、委托代理问题以及住房金融管理方面的问题是影响其公平与效率的主要原因;六是得出结论以及给出相应的政策建议。建议中指出从调整制度定位、全面深化改革、发挥政府主导作用三个大方向努力以实现住房公积金制度的三级目标。